晶体结构解析案例69(B级警报PLAT780)

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晶体结构解析案例69(B级警报PLAT780)

文本所用软件/程序

GUI: Olex2[1]    Structure refinement: SHELXL[2]    Crystallographic tool: PLATON[3]

最近，兰州某高校友友遇到B级警报PLAT780（参阅推文“CheckCIF-PLAT780”），求助处理，如图1所示。

▲图1 问题描述

拿到数据后用Olex2打开，发现有一个片段中有个羧基氧O00E与Ag07的对称等效原子Ag07i距离为2.816 Å，如图2所示。

▲图2 相关片段（对称操作码i: -1+X,+Y,+Z）

观察结构发现，结构中有两个Ag‒O键是通过BIND指令（参阅推文“SHELXL指令之BIND”）建立的，键长分别为2.621 Å和3.009 Å，而上面这个是2.816 Å，介于两者之间，可以使用Olex2中的Move Near功能将两个片段移到一起（操作方法请参阅视频“Olex2基操-Move Near功能的使用：https://www.bilibili.com/video/BV1HB4y1k7aW”），然后用BIND指令将Ag07和O00E连接起来，精修后即可消除B级警报PLAT780，如图3所示。

▲图3 处理结果

参考文献

[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.    [2] (a)  Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,  University of Göttingen, Germany, 2019. (b)  Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.  Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure  Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle,  C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors  for SHELXL – model, implementation and  application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. DOI:  10.1107/S2053273318013840.    [3] (a)  Spek, A. L. Single-Crystal Structure Validation with the Program PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112. (b) Spek, A. L. Structure Validation in  Chemical Crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. DOI: 10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure  Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:  10.1016/j.ica.2017.04.036. (d)  Spek, A. L. checkCIF Validation  ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.

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