晶体结构解析案例68(B级警报PLAT780)

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晶体结构解析案例68(B级警报PLAT780)

文本所用软件/程序

GUI: Olex2[1]    Structure refinement: SHELXL[2]    Crystallographic tool: PLATON[3]

最近，在处理某个晶体数据的时候，遇到如图1所示B级警报PLAT780（参阅推文“CheckCIF-PLAT780”）。

▲图1 B级警报PLAT780

结构中有机结构片段均为完整结构，没有问题，剩下的就是MCl5和MCl4两个片段，如图2所示。

▲图2 MCl5和MCl4两个片段

在Olex2中按Ctrl+G，这两个片段周围没有可生长的虚线，查看其中一个片段（例如MCl4）周围环境，发现它附近有一个MCl5片段，并且两个Cl和该金属距离较近（2.988和3.117 Å），如图3所示。

▲图3 MCl4周围环境

于是将这两个片段调整至合适位置，即可消除上述B级警报PLAT780，如图4所示。

▲图4 调整后结果

参考文献

[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.    [2] (a)  Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,  University of Göttingen, Germany, 2019. (b)  Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.  Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure  Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle,  C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors  for SHELXL – model, implementation and  application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. DOI:  10.1107/S2053273318013840.    [3] (a)  Spek, A. L. Single-Crystal Structure Validation with the Program PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112. (b) Spek, A. L. Structure Validation in  Chemical Crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. DOI: 10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure  Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:  10.1016/j.ica.2017.04.036. (d)  Spek, A. L. checkCIF Validation  ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.

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