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相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); PLATON[2] (Version: 241123); 有小伙伴提问：Checkcif.pdf报告中结构图别人的有原子编号，为什么我的没有？ 另有小伙伴提问：Checkcif.pdf报告中结构图不是我想要的，能不能换一个？ 关于这个问题，笔者不甚了解，笔者只知道的确有些验证报告中会有原子编号，而有些没有，这些都是正常的。 实际上这个问题应该也不算是一个问题吧，毕竟验证报告中的椭球图（ellipsoidplot）是checkCIF系统自动给出的一个图示，而这个图通常不太适合作为学术论文的插图，即便是作为一个示意图有时也并不清晰，对于没有原子编号的图，如图1所示，读者也许能够看到大概框架（很多情况下该图没有一个合适的角度，导致结构有遮挡），但并不能知道具体是什么原子。 ▲图1 某结构（1a of 'Sci. China Chem.2023, 66, 117–126'）的验证报告配图 该图实际上是checkCIF系统通过PLATON生成并加入验证报告的，左侧“PLATON-Feb 2400:43:29 2022 – (190222)”中“PLATON”指该图生成软件是PLATON，“Feb 24 00:43:292022”是该图生成时间，“190222”是PLATON版本信息。角落的“4 Y”“Z -123”和“-60 X”分别是Y轴、Z轴和X轴旋转的数值。最下面一行中“1a”、“P -1”和“R = 0.07”分别是该结构的数据名称、空间群和R1，如图2所示。右上角的“Prob =50”指的是该椭球图的椭球概率（ellipsoidsprobability）为50%，“Temp = 300”指的是该晶体的测试温度为300 K。 ▲图2 晶体数据1a概览（CCDC: 2152633） PLATON打开该数据后，点击GRAPHICS下方第二项Ortep-Plot，如图3所示。 ▲图3PLATON>>GRAPHICS>>Ortep-Plot选项 打开的界面如图4所示。 ▲图4 PLATON绘制的1a的椭球图 而有些结构，验证报告中的配体是有原子编号的，如图5所示。 ▲图5 某结构（S1 of 'Sci. China Chem.2023, 66, 117–126'）的验证报告配图 该结构用PLATON的Ortep-Plot模式打开如图6所示，是直接带原子编号的。 ▲图6 PLATON绘制的S1的椭球图 通过上面的实践，如果想知道自己的验证报告（checkcif.pdf）中的配图是否有原子编号，可以用PLATON中的Ortep-Plot提前看一下。 当然，提出本文最初问题的小伙伴可能是想使用验证报告的配体作为自己的论文的插图，但实际上不建议使用该配图作为论文插图。就像核磁谱图，大家都愿意学习相关核磁谱图绘图软件来处理加工自己的核磁谱图以求得到满意的论文插图，同样的，晶体结构图也有相关的绘图软件。 就像另一位小伙伴说的：用自己的cif文件绘制出像checkCIF最后给出的晶体图，这种样式很清晰和美观。 本案例中，文献中1a结构的晶体结构图使用软件Olex2绘制（参阅视频“晶体结构绘图等于拍照加美颜：https://www.bilibili.com/video/BV1aD4y1M7wC”），如图7所示。 ▲图7 文献中1a结构的晶体结构图 本案例中，文献中S1结构的晶体结构图使用软件Diamond绘制，如图8所示。 ▲图8 文献中S1结构的晶体结构图 参考文献： [1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. [2] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. 如需PDF文档，请从以下链接下载： 通过网盘分享的文件：CheckCIF-验证报告中的结构图.pdf
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