无序示例-对溴苯基二重无序(C级警报PLAT241和PLAT242)

DJ_Tokyo

相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); SHELXL[2] (Version: SHELXL-2019/3); PLATON[3] (Version: 241123)

最近，同单位某课题组的一个晶体数据，在对溴苯基的溴原子椭球形变方向附近有一个残余峰，而且苯环的碳原子椭球也有一定的形变，从而触发了C级警报PLAT241（参阅推文“CheckCIF-PLAT241”）和PLAT242（参阅推文“CheckCIF-PLAT242”），如图1所示。

▲图1 残余峰位置

根据这些原子的椭球形变方向以及残余峰位置，对溴苯基绕C36旋转一定角度做无序处理，设计无序方案如图2所示。

▲图2 无序方案

根据无序方案实施无序处理，用SAME指令和SIMU指令分别限制两个组分的几何结构和各向异性位移参数，残余峰和R因子均得到改善，最终结果如图3所示。

▲图3 无序处结果

并且此时不再有C级警报PLAT241和PLAT242，如图4所示。

▲图4 最终结果验证报告

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[3] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

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