Olex2打开晶体数据提示HKL中晶胞与当前晶胞不一致

DJ_Tokyo

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Olex2打开晶体数据提示HKL中晶胞与当前晶胞不一致

有时候用Olex2 [1]打开晶体数据时，Olex2主界面底部给出如图1所示提示语“There is a new cell in the HKL file but itdiffers significantly from the current one - please update manually”（HKL文件中有一个新的晶胞，但它与当前晶胞显著不同——请手动更新）。

▲图1 Olex2底部提示语

以记事本的方式打开HKL文件（或在Olex2主界面左下角命令行输入指令“edit hkl”（注：edit和hkl之间有一个空格）并回车以在文本编辑器中打开hkl文件），并拉到hkl文件底部，如图2所示，hkl底部是一个用于结构解析的ins文件内容，该部分内容CELL行后面的晶胞为“a = 13.036540 Å, b = 18.403498 Å, c = 25.700075Å, α = β = γ = 90°”，而当前的晶胞可以从Olex2左上角（或从ins文件）读出，为“a = 18.4035 Å, b = 25.7001 Å, c = 13.0365 Å,α = β = γ = 90°”（略去标准偏差），两者数值上相同，只是顺序不同，显然在实际解析结果中发生了晶胞转换。

▲图2 HKL文件中的晶胞和当前晶胞

HKL文件底部的晶胞应该是数据还原后生成HKL文件时写入的晶胞，而在解析中发生了晶胞转换，导致两者不一致，可以无需理会，也可以将HKL文件底部的TITL行及其后所有内容删除，这样再打开该数据就不会有图1所示提示。

参考文献

[1]    Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.