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[CheckCIF] CheckCIF对晶体数据名称规则变化

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发表于 昨天 09:57 | 查看全部 |阅读模式
声明:本文仅代表个人观点,笔者学识有限,资料整理过程中难免存在疏漏谬误,请不吝指正。
CheckCIF对晶体数据名称规则变化
最近,在帮客户处理晶体数据,然后进行CheckCIF [1]时,发现CheckCIF对晶体数据名称规则的一个变化,如1红色方框所示,晶体数据文件名称为“EQ-16,17-HYHTT-BTHH”,如1蓝色箭头所指,晶体数据名称为“eq-16,17-hyhtt-bthh”(使用SHELXL [2]精修时,SHELXL在把文件名称转化为数据名称时会自动将大写字母变为小写字母,参阅推文“晶体数据名称大小写问题”)。
1 文件名称和数据名称
从文件修改日期可知,该数据是202411月份处理完成的,其CheckCIF报告显示可以正常读取数据名称“eq-16,17-hyhtt-bthh”,如2蓝色箭头所指。
2 2024年的CheckCIF报告
而现在,20269月份,再拿上述CIF [3]文件在“https://checkcif.iucr.org/”进行CheckCIF,如3所示。
3 2024年成功CheckCIFCIF文件在2026年再次进行CheckCIF
点击“Send CIFfor checking”按钮后,页面跳转如4所示,提示“Invalid CIF filename. Please check the details of your submissionand try again.”(CIF文件名无效。请检查您提交的详细信息,然后重试。)
4 提示CIF文件名无效
看来看去,也只有那个逗号比较可疑,于是将其去掉,文件名变为“EQ-1617-HYHTT-BTHH”,晶体数据名称变为“eq-1617-hyhtt-bthh”,然后再进行CheckCIF,如5所示。
5 更名后再进行CheckCIF
此时可以正常进行CheckCIF,其报告如6所示,至于报告顶部的三个图标,是2025年新出现的变化,参阅推文“CheckCIF报告新变化(CCDC重复检查)”。
6 更名后的CheckCIF报告
在之前的推文“CIF文件名含特殊字符导致无法在线CheckCIF”中,笔者曾进行过试验,当时逗号是可以作为名称的一部分的,不过显然,当前标准已修改,逗号已经不能再作为名词的一部分了。
参考文献
[1]    (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.
[2]    (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2025/1, Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen,Germany, 2019. (b)Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI:10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218.(d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.;Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical ScatteringFactors for SHELXL – Model,Implementation and Application. ActaCryst. 2019, A75, 50–62. DOI:10.1107/S2053273318013840.
[3]    (a)Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File(CIF): A New Standard Archive File for Crystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

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