乙烯基骨架配体无序案例1(AB级警报PLAT097和PLAT230)

DJ_Tokyo

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乙烯基骨架配体无序案例1(AB级警报PLAT097和PLAT230)

最近，有小伙伴的晶体结构遇到A级警报PLAT097（参阅推文“CheckCIF-PLAT097”）和B级警报PLAT230（参阅推文“CheckCIF-PLAT230”），如图1–2所示，找笔者帮忙解决。

▲图1 求助信息

▲图2 具体的AB级警报

笔者拿到数据后，用Olex2 [1]打开，显示其不对称单元（ASU, asymmetric unit）结构，如图3所示，各项精修指标都不错，但是残余峰较大（Max Peak = 1.8 e·Å–3，具体数值为CIF [2]中_refine_diff_density_max（参阅推文“CIF核心词典-REFINE”）条目记录的1.801 e·Å–3），该残余峰处于C28附近（红色箭头所指）。

▲图3 待处理数据不对称单元结构

进行对称操作（Grow），得到完整结构后，可以看到该最大残余峰位置与已建模乙烯基呈交叉状分布，如图4所示（仅截图1,2-双(4-吡啶基)乙烯结构片段）。

▲图4 残余峰位置分布

按Ctrl+M查看差值电子密度图，如图5所示，明显看到绿色电子云形成的另一个位置分布的1,2-双(4-吡啶基)乙烯骨架，如图6所示（绿色连线），其中C22、C24、C25、C26和C27等碳原子的原子椭球存在明显拉长，这些都是无序的信号。

▲图5 残余峰位置分布

▲图6 残余峰位置分布连线勾勒第二无序组分1,2-双(4-吡啶基)乙烯骨架

该处1,2-双(4-吡啶基)乙烯电子云密度形状如图7左（由ChemBioDraw [3]绘制）和图8所示，因此其无序方案显然为图7右所示。

▲图7 无序1,2-双(4-吡啶基)乙烯电子云密度形状示意图及其无序方案

▲图8 无序1,2-双(4-吡啶基)乙烯电子云密度形状示意图

无序处理结果如图9–10所示，Max Peak = 0.3，无AB级警报，R1和wR2大幅降低，差值电子密度图非常干净（图10），至此，问题得到解决。

▲图9 无序处理结果

▲图10 无序处理结果

参考文献

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