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[Shelx/Olex2] Olex2无法精修案例2

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发表于 昨天 08:02 | 查看全部 |阅读模式
声明:本文仅代表个人观点,笔者学识有限,资料整理过程中难免存在疏漏谬误,请不吝指正。
Olex2无法精修案例2
最近,有小伙伴在使用Olex2 [1]精修结构的时候,出现“parameter out of range”(参数超出范围)提示以致无法精修(refine),并且说是刚解析(solve)的数据,未作任何改动,如1所示,因为笔者之前做过视频讲解类似问题,于是将视频(Olex2所遇问题及解决2https://www.bilibili.com/video/BV1gX4y1L7o9)发给对方,不过对方表示还未添加任何指令,于是只好把数据发给笔者,如2所示。
1 问题描述
2 问题讨论
笔者拿到数据后,用Olex2打开,按快捷组合键“Ctrl+R”进行精修,Olex2背景给出SHELXL [2]程序提示“** PARAMETER OUT OF RANGE **”(参数超出范围),以致无法进行精修,如3所示。
3 Olex2界面背景的SHELXL程序提示
于是点击Olex2右上角白底方框上有个铅笔的图标按钮打开ins文件(Olex2中该图标仅显示ins文件命令区,不显示ins文件原子列表区)进行查看,如图4所示,观察后发现SHELXL指令PLAN(参阅推文“SHELXL指令之PLAN”)的参数为4060,该指令的参数代表Q峰数目,显然该数值太大,怀疑是问题所在。
4 查看问题所在
Work选项卡下,Refine展开栏中Q峰数目(Peaks)显示为99,如5所示,该处最大显示数值为99,将其改小一些,比如30,如6所示,然后就可以正常精修了。
5 无法精修时的Peaks数值显示
6 修改后可以精修的数值
当然,也可以使用指令“refine nm”(其中n代表精修轮数,m代表Q峰数目)来修改Q峰数目(参阅视频“Olex2基操-如何设置Q峰数目:https://www.bilibili.com/video/BV1gv4y1R7hS”),至此问题解决,并反馈给求助者,如7所示。
7 问题反馈
参考文献
[1]    Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.
[2]    (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2025/1, Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen,Germany, 2019. (b)Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI:10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218.(d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.;Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical ScatteringFactors for SHELXL – Model,Implementation and Application. ActaCryst. 2019, A75, 50–62. DOI:10.1107/S2053273318013840.

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