FragmentDB工具的使用

南京群晶科技

      在单晶数据解析的过程中，可能会有溶剂或者无序分子的存在，FragmentDB工具能让我们直接从数据库中调用经过优化、具有正确几何构型的分子片段，这些模型具有理想的键长、键角，并且已经考虑了原子类型和连接性，能更快地收敛，得到更可靠的精修结果。

      本数据中出现了四个Q峰，按下Crtl+G快捷键进入mode Grow模式，没有出现等效Q峰。4个Q峰均重于1，Q2和Q1、Q3、Q4的键长为1.2埃左右，符合硝酸根中N-O键的键长。  

      在Tool选项卡下方选择FragmentDB工具栏，在展开后的界面中第一项下拉菜单中找到自己需要的硝酸根分子。可以修改PART和Occupancy更改组分和占有率，本数据中是一个完整的硝酸根离子，所以不做修改。

      点击Fit！ 在页面中出现一个硝酸根离子的模型，选中模型中的N离子，再点击Q2，尽可能多的使模型与Q峰重合，然后点击ESC退出模式，得到一个硝酸根离子。

      Refine精修，完成后再进行各向异性精修。

      选中这个硝酸根离子，打开原子列表，可以看到自动增加了FLAT、SIMU、RIGU等指令。