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[Shelx/Olex2] Olex2文件类型颜色方案

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发表于 2025-5-11 07:05:24 | 查看全部 |阅读模式
                              
Olex2文件类型颜色方案
Olex2[1]打开不同类型的晶体数据文件时,主界面右上角会显示不同的颜色,例如打开结果文件“.res”(result file)或指令文件“.ins”(instruction file)时,显示为蓝色,如1所示(通过路径可知打开的文件类型“D:\Desktop\sucrose\sucrose.res”“D:\Desktop\sucrose\sucrose.ins”)。
1 Olex2中打开.res文件(左)和.ins文件(右)
Olex2打开晶体信息文件CIF[2]文件(“.cif”)时,则显示为绿色,如图2所示(通过路径可知打开的文件类型“D:\Desktop\sucrose\sucrose.cif”)。
2 Olex2中打开.cif文件
Olex2打开Olex2模型文件“.oxm”(olex2 model file)则显示为橙色,如3所示(通过路径可知打开的文件类型“D:\Desktop\sucrose\sucrose.oxm”)。
3 Olex2中打开.oxm文件
其他的诸如“.xyz”“.mol[3]和“.pdb[4]等文件在Olex2中打开也显示为蓝色,如4所示。
4 Olex2中打开.xyz.mol.pdb等文件
视频讲解请参阅:
Olex2文件类型颜色方案:https://www.bilibili.com/video/BV1SsqFYjEc4
参考文献
[1]    Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R.J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2:A Complete Structure Solution, Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst.2009, 42, 339–341. DOI:10.1107/S0021889808042726.
[2]   (a) Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D.The Crystallographic Information File (CIF): A New Standard Archive File forCrystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.
[3]    (a) MDL Information Systems, Inc.,2003.  MDL Information Systems, Inc. CTFile Formats.  MDLInformation Systems, San Leandro, USA. (b) Clark, A. M. Accurate Specificationof Molecular Structures: The Case for Zero-Order Bonds and Explicit HydrogenCounting. J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 3149–3157. DOI: 10.1021/ci200488k.
[4]    Westbrook, J. D.; Fitzgerald, P. M. The PDBFormat, mmCIF, and Other Data Formats. MethodsBiochem. Anal. 2003, 44, 161–179. DOI:10.1002/0471721204.ch8.
声明:本文仅代表个人观点,笔者学识有限,资料整理过程中可能存在疏漏错误,请不吝指正。
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