晶体数据审稿意见-错用限制指令(PLAT430)

DJ_Tokyo

晶体数据审稿意见-错用限制指令(PLAT430)

案例来源：CCDC[1] 2396827. RSC Adv.2025, 15, 2645–2650. DOI[2]: 10.1039/d4ra08065c.

审稿意见如下：

审稿意见	大意
Comments:	评论：
There is 1 structure in  this paper. We examined this file: 2396827	该论文中有一个结构。我们检查了此文件：2396827
Thank you for your  comments and corrections.	感谢您的评论和更正。
**a_sx** (CCDC 2396827)	**a_sx** (CCDC 2396827)
The new cif only includes  the absorption correction details of the comments previously made. Currently,  the following issues still need addressing:	新的CIF[3]仅包括先前评论的吸收校正细节。目前，以下问题仍需解决：
- The BASF has refined to  0 so the twin law and BASF should be removed from the ins.	BASF（参阅推文“SHELXL指令之BASF”）精修为0，因此孪晶法则和BASF应当从INS中删除。
- A large number of reflections have been  omitted using the OMIT command in the ins file and these do not need to be  omitted. The SHEL command alone should be left in the file as this cuts the  data where I/sigma drops below 3.	大量衍射点使用OMIT命令（参阅推文“SHELXL指令之OMIT”）从INS文件中删除，这些衍射点无需删除。SHEL命令（参阅推文“SHELXL指令之SHEL”）应单独留下，因为它截断了信噪比低于3的数据。
- I note that Squeeze has  been used however the formula does not contain the solvent and should,  otherwise there are errors in many derived quantities e.g. density, molecular  mass, F000 and absorption correction. Please add this in, in line with the  IUCr guidance. “The chemical formula must be consistent with the atomic  content specified by the _atom_site_ information, and match the  _chemical_formula_weight. If atoms are missing from the atomic model (e.g.  unlocated H atoms or solvent molecules suppressed by the ‘SQUEEZE’ or similar  approach), the moiety and sum formulae should state the assumed overall  formula.” Source: https://journals.iucr.org/c/services/cif/reqdata.html	我注意到使用了SQUEEZE[4]，但分子式没有包含（挤掉的）溶剂，实际上应当包含挤掉的溶剂，否则许多衍生量如密度、分子量、F000和吸收校正都会存在误差。请根据IUCr指南添加挤掉的溶剂。“化学式必须与_atom_site_信息指定的原子内容一致，并与_chemical_formula_weight匹配。如果原子模型中缺少原子（例如未确定的氢原子或被‘SQUEEZE’或类似方法抑制的溶剂分子），则单体分子式和总和分子式应说明假定总体分子式。”信源：https://journals.iucr.org/c/services/cif/reqdata.html
- The DFIX 3 0.001 O4  O3_$1 should be removed, this gives a cleaner residual density map in that  the region reducing the residuals from 1.6 and -1.4 to 0.5 and -0.6.	应当删除“DFIX 3 0.001 O4 O3_$1”限制，这会将该区域残余峰从1.6和-1.4将为0.5和-0.6从而得到更加干净的残余密度图。
- The use of Squeeze  should be mentioned in the experimental. Please also check the  crystallographic information in the paper after these changes. Thanks very  much.	应在实验部分提及SQUEEZE的使用。按照这些评论更改后，请检查论文中的晶体学信息。非常感谢。

该数据如图1所示（由Olex2[5]呈现），INS文件中添加了孪晶法则精修指令TWIN（参阅推文“SHELXL指令之TWIN”）和BASF，但批比例因子精修为0，说明该孪晶法则毫无意义，因此审稿人表示应当删除TWIN指令和BASF指令，另外使用OMIT指令删除了大量衍射点，另外还用SHELXL[6]指令DFIX（参阅推文“SHELXL指令之DFIX”）将O4和O3的对称等效原子O3_$1之间的距离限制为3±0.001Å（$1为SHELXL指令EQIV（参阅推文“SHELXL指令之EQIV”）定义的对称操作“1-X,-0.5+Y,-0.5-Z”），做了溶剂遮掩，但没有将溶剂遮掩的内容添加到总分子式中（参阅推文“Olex2中如何把溶剂遮掩内容添加到总分子式中(审稿意见)”），由此只剩下一个B级警报PLAT910（参阅推文“CheckCIF-PLAT910”），如图2所示，该问题重新测试可能可以解决（参阅推文“CheckCIF-B级警报PLAT910解决示例”）。

▲图1 数据精修情况

▲图2 B级警报PLAT910

收到审稿意见后，论文作者找笔者处理，作者表示之前是找其他人帮忙处理的，后来联系对方，结果对方不回消息了。

查看结构，发现DFIX指令限制的是与金属配位的羧基氧之间的距离，如图3所示，由于该限制导致羧基氧处的插值电子密度图异常。

▲图3 异常插值电子密度图

按照审稿意见将删除衍射点的OMIT指令从ins文件中删除，同时删除DFIX、TWIN和BASF等指令，确如审稿人所说，如图4所示，残余峰立马就降低了，羧基处的插值电子密度图也变得很干净，Fobs vs Fcalc图和Bad Reflections列表中都没有任何的离群点，也不知道为何原先帮忙处理的人要用OMIT指令删除大量衍射点。

▲图4 删除错用限制后的结果

只不过因为与金属配位的羧基氧之间距离小于2.9 Å会触发B级警报PLAT430（参阅推文“CheckCIF-PLAT430”），如图5所示（由PLATON[7]呈现）。

▲图5 氧原子距离过近触发的B级警报PLAT430

但这个B级警报PLAT430并不是用DFIX强行限制使氧原子距离拉开从而消除的理由，因为这会造成键长键角的不合理，也就是结构的不合理，明显的表现就是插值电子密度图异常，残余峰升高——因为模型与实验数据的拟合度变差了。

不能为了消除警报而消除警报，警报不代表错误，只是一种提醒而已，重要的是尊重实验事实，实事求是！

由于原来的数据做了溶剂遮掩，于是笔者尝试取消溶剂遮掩，将溶剂分子建模出来，大概建模了1.5个水分子，做四组分无序处理，发现不存在B级警报PLAT430，如图6所示。

▲图6 游离水分子建模结果

但作者强烈要求将游离水分子遮掩掉，于是只能对该B级警报做解释了，如图7所示。

▲图7 B级警报及其解释

类似情况可参阅如下推文：

无法解决的B级警报PLAT430

无法消除的B级警报PLAT430

无法消除的B级警报430案例3

无法消除的B级警报PLAT430案例4

无法消除的B级警报PLAT430案例5

无法消除的B级警报PLAT430案例6

无法消除的B级警报PLAT430案例7

无法消除的B级警报PLAT430案例8

CheckCIF-A级警报PALT430

晶体数据审稿意见-B级警报PLAT430

晶体数据处理之电荷平衡-加氢1(B级警报PLAT430)

没必要消除的B级警报PLAT430案例1(审稿意见)

视频讲解请参阅：

晶体数据审稿意见-错用限制指令(PLAT430)：https://www.bilibili.com/video/BV1r1oZY2END

如需论文PDF和CIF文件，请从以下链接下载：

链接:https://pan.baidu.com/s/1-x7kzsqs0Yy4KBys5xiTcg

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参考文献

[1]    (a) Allen, F. H.The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million Crystal Structuresand Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI:10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.

[2]    (a) InternationalOrganization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – Digital Object Identifier System.http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System.https://www.iso.org/standard/81599.html

[3]    (a) Hall, S. R.;Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File (CIF): A NewStandard Archive File for Crystallography. ActaCryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

[4]    Spek, A. L. PLATON SQUEEZE: A Tool for theCalculation of the Disordered Solvent Contribution to the Calculated StructureFactors. Acta Cryst. 2015, C71, 9–18. DOI:10.1107/S2053229614024929.

[5]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[6]    (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen,Germany, 2019. (b)Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI:10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218.(d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.;Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical ScatteringFactors for SHELXL – Model,Implementation and Application. ActaCryst. 2019, A75, 50–62. DOI:10.1107/S2053273318013840.

[7]    (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.

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