晶体结构解析案例50(正丁基无序)

DJ_Tokyo

相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); PLATON[2] (Version: 241123); SHELXL[3] (Version: SHELXL-2019/3)

最近，中科院某所友友求助处理一个晶体数据（CAS: 3031312-18-9），诉求和给定的文件如图1所示。

▲图1 求助诉求及给定文件

用Olex2打开其res文件，结果如图2所示，有两个丁基缺少碳原子，还有一些原子指认错误，作为长烷基链的丁基其椭球形变严重——长烷基链的无序十分常见，是很普遍的现象。

▲图2 初始状态

精修后，最大的两个残余峰位于缺少碳原子的丁基末端，如图3所示。

▲图3 位于缺少碳原子丁基末端的残余峰

将这两个残余峰定为碳，随后按照所给结构将原子指认正确，并给予适当的编号，如图4所示。

▲图4 骨架指认完整的结果

由于丁基的无序使其椭球形变严重，从而导致其键长严重偏离正常值，如图5所示。

▲图5 严重偏离正常值的碳碳键键长

对丁基做二组分无序处理，用DFIX指令和DANG指令限制第一组分的碳碳键键长和键角，用SAME指令限制两个无序组分的几何结构，使第二无序组分的几何结构相似于第一无序组分的几何结构，用SIMU指令限制两个无序组分的各向异性位移参数，最终结果如图6所示。

▲图6 最终处理结果

最终结果没有AB级警报，如图7所示。

▲图7 最终结果验证报告

视频操作请参考：

Olex2晶体结构解析与精修实例159(回复粉丝-正丁基无序处理)：https://www.bilibili.com/video/BV1cV411Q7D4

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

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[4]Spek, A. L.; van der Sluis, P. BYPASS: an Effective Method for the Refinementof Crystal Structures Containing Disordered Solvent Regions. Acta Cryst.1990, A46, 194–201.

[5]Spek, A. L. PLATON SQUEEZE: a toolfor the calculation of the disordered solvent contribution to the calculatedstructure factors. Acta Cryst. 2015, C71, 9–18.

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