MS 构建COF结构

crystar

COF由纯有机连接块通过官能团反应连接在一起，比如醛胺缩合。目前的方式很难获得适合单晶衍射的COF样品。MS软件建模和计算可以很方便联用，暂时我用MS来构建COF骨架和模型优化，这个功能很多粉末软件是不具备的。基本流程是：结构片段建模--结构片段优化--量取分子尺度预估晶胞参数--晶体建模--优化晶体模型--分析模型合理性并调整模型--同其他测试结果印证，比如粉末衍射、分子光谱、电镜等。在构建模型时候：

1. 可以用P1空间群构建模型，最后升空间群，这点有些类似单晶解析结构提升对称性的操作。
2. 优化模型时候软件未能找到最佳位置，需要人为干预调整。别指望点个按钮，软件就能搞定全部工作。
3. 大体系结构，开始可以低精度计算，超精度计算要求较高，可能会导致计算失败。
再提下MS是商用软件，注意版权，自己没有版权可以找有版权的人合作。

轻舞飞扬

MS是一个综合商业软件包，建议坛友以后应用具体到MS的具体模块比如CASTEP或者Dmol3等。
版权是要注意，找人合作是一个思路。另外补充一点，其实MS的一些模块的独立软件是学术免费的，可以独立申请，不过相比商业可视化软件需要更高的专业水准，也是一种解决版权问题的方法。

crystar

轻舞飞扬 发表于 2025-5-9 23:56
MS是一个综合商业软件包，建议坛友以后应用具体到MS的具体模块比如CASTEP或者Dmol3等。
版权是要注意，找人 ...

这里不限定用MS软件的某一个模块，所以不用具体到DMOL3还是CASTEP，建议这样建议以后就不要建议了，有这些时间多给一些具体的操作说明更有实际意义。