晶体数据审稿意见-撤销删除衍射点

DJ_Tokyo

晶体数据审稿意见-撤销删除衍射点

文本所用软件/程序

GUI: Olex2[1]    Structure refinement: SHELXL[2]

最近，中科院某所小伙伴遇到如下审稿意见：

审稿意见	大意
There  appears to be no physical justification to omit this long list of reflection  from the refinement. Such may be justified for reflections that are affected  by the beam stop or so. That is obviously not the case here. It looks as if  these reflections have just been omitted in hunt for slightly better R  factors. So please go ahead and re-finalise the structure refinement using  all data.	似乎没有任何物理上的理由从精修中省略这一长串衍射点。对于受光束挡板影响的衍射点，这可能是合理的。但这里显然不是这样。看起来这些衍射点似乎只是为了得到更好的R因子而被省略了。因此，请继续使用所有数据重新完成结构精修。

审稿意见

大意

I  agree with Referee 2 that reflections should only be omitted when it is clear  they have been affected by the beam stop or another valid reason. I did a  quick refinement of the data with these reflections included and the R-value  increased from 3.76 to 3.78 (not a big difference). Please re-refine the  structure and include the omitted reflections (unless a valid reason for  excluding them can be provided).

我同审稿人2的观点，即只有当衍射点明显受到光束挡板或其他有效原因的影响时，才应省略衍射点。我对包含这些衍射点的数据进行了快速精修，R值从3.76%增加到3.78%（差异不大）。请重新完善结构，并包括省略的衍射点（除非可以提供排除它们的有效理由）。

打开ins文件，可以看的用OMIT指令（参阅推文“SHELXL指令之OMIT”）删除了两个衍射点8 10 18和-2 0 6，如图1所示。

▲图1 删除衍射点的OMIT指令

将这两条OMIT指令从ins文件中删除，结果如图2所示，想来原先是因为这两个衍射点的Error/esd较大，从而用OMIT指令将其删除。

▲图2 恢复的两个衍射点

好在衍射点8 10 18的Error/esd虽然大于10，但也仅是触发了C警报PLAT934（参阅推文“CheckCIF-PLAT934”），如图3所示。

▲图3 C级警报PLAT934

视频讲解请参阅：

晶体数据审稿意见-撤销删除衍射点：https://www.bilibili.com/video/BV17f421B7Ni

参考文献

[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.    [2] (a)  Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,  University of Göttingen, Germany, 2019. (b)  Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.  Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure  Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle,  C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors  for SHELXL – model, implementation and  application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. DOI:  10.1107/S2053273318013840.

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