Olex2鼠标悬停键长标准偏差信息

DJ_Tokyo

相关软件：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5)

在Olex2中，鼠标悬停在键上，随后会出现一个悬浮框显示相应键长，如图1所示。

▲图1 鼠标悬停在键上显示键长

或者选中两个原子后，将鼠标悬停在其中任意一个原子上，也可以显示这两个原子之间的距离（此操作可查看任意原子之间的距离），如图2所示。

▲图2 选择原子后鼠标悬停在原子上显示原子间距

也可以选择键或者两个原子后，输入“sel”并回车，即可在Olex2背景幕布中显示键长，如图3所示。

▲图3 sel命令显示键长/原子间距

不过上述方式查看的键长/距离信息不包含估计标准偏差e.s.d.（Estimated StandardDeviation），这是因为Olex2打开的是res文件（Olex2右上角显示蓝色表明打开的是res文件），如图4所示。

▲图4 Olex2打开文件类型提示

打开ins文件也是显示蓝色，也没有e.s.d.，如图5所示。

▲图5 Olex2打开ins文件结果

若要获取相关参数的e.s.d.，可以打开CIF[2]文件（Olex2右上角显示绿色表明打开的是cif文件），如图6所示，此时通过鼠标悬停或者“sel”指令均可显示键长/距离的e.s.d.。

▲图6 Olex2打开cif文件结果

如果打开的是ins或者res文件，也可以查看键长/距离的e.s.d.，在选择键或两个原子后，输入“esd”并回车即可，如图7所示。

▲图7 “esd”命令获取参数的e.s.d.

Olex2中“sel”和“esd”指令使用相关视频：

Olex2视频教程——指令sel的应用：https://www.bilibili.com/video/BV1ib411u7r2

Olex2-任意原子间距离计算(RTAB和sel及esd)：https://www.bilibili.com/video/BV1X5411N7mM

Olex2-任意原子间距离计算2(RTAB和sel及esd)：https://www.bilibili.com/video/BV1ci4y1M7K6

Olex2-原子到键或环质心距离计算(RTAB D2CG和sel及esd)：https://www.bilibili.com/video/BV1Gz4y1m7zs

Olex2-原子到平面距离计算(MPLA和sel及esd)：https://www.bilibili.com/video/BV15y4y1773o

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2](a) Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic InformationFile (CIF): a New Standard Archive File for Crystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. (b)Hall, S. R. The STAR File: A New Format for Electronic Data Transfer andArchiving. J. Chem. Inf. Comput. Sci.1991, 31, 326–333. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508.

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