Olex2中溶剂遮掩问题-Z值设置

DJ_Tokyo

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Olex2中溶剂遮掩问题-Z值设置

最近，笔者用Olex2 [1]处理一个数据，并用Olex2中的SolventMask [2]例程进行溶剂遮掩，结果Olex2主界面出现如图1所示信息。

▲图1 Olex2主界面提示信息

此时，用户图形界面（GUI, GraphicalUser Interface）如图2所示，没有溶剂遮掩的电子数、体积以及内容编辑信息，当然，溶剂遮掩的效果已经完成（证据是溶剂遮掩后，R因子显著降低）。

▲图2 用户图形界面溶剂遮掩面板

笔者在网上试图寻找答案，未果，以为是Solvent Mask对于该数据产生的问题，于是换用PLATON SQUEEZE [3]进行溶剂遮掩，结果相同，GUI界面无法给出溶剂遮掩的电子数、体积以及内容编辑信息。

后经笔者自行摸索，发现，应当是Z值设置的问题导致，由于该结构中主体结构所有原子占有率为1，而有一个客体分子所有原子占有率为0.25，于是为了使得总分子式为整数，笔者将Z'设置为0.25，此时Z值为0.5，CheckCIF报告Z值计算值为2，如图3左侧红色箭头所指（由PLATON [4]呈现），右侧红色箭头所指为笔者设置的Z值。

▲图3 CheckCIF报告

而将Z值修正后，GUI界面溶剂遮掩的信息就自动显示出来了，如图4所示，而原来错误Z值设置时，溶剂遮掩信息是空白的，如图5所示。

▲图4 正确Z值设置下溶剂遮掩信息

▲图5 错误Z值设置下溶剂遮掩信息

参考文献

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[2]    Spek,A. L.; van der Sluis, P. BYPASS: AnEffective Method for the Refinement of Crystal Structures Containing DisorderedSolvent Regions. Acta Cryst. 1990, A46, 194–201. DOI: 10.1107/S0108767389011189.

[3]    Spek,A. L. PLATON SQUEEZE: A Tool for theCalculation of the Disordered Solvent Contribution to the Calculated StructureFactors. Acta Cryst. 2015, C71, 9–18. DOI:10.1107/S2053229614024929.

[4]    (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.