squeeze指令能否去掉指定区域电子密度的影响

casjxm

Squeeze的初衷是处理孔洞中央无序的溶剂分子，通过计算其贡献并纳入结构精修中，从而降低R1值。

如果已经知道某个区域（不一定是孔洞，可能是任何已知的区域）的电子密度是噪音，能否用Squeeze将其影响去掉？

或者有没有其他方式实现这个目的

李建喜

SQUEEZE的扩展性有限，但可通过手动编辑掩模尝试处理任意区域。更灵活的方法是结合精修软件指令（如冻结假原子）或后处理工具（mapmask、脚本）直接操作密度文件。但是，要确保操作不掩盖真实结构信息，并通过交叉验证保证结果的物理合理性。
SQUEEZE能否直接用于排除任意已知噪音区域？
常规用途限制：
SQUEEZE主要用于自动识别并处理溶剂可及区域（孔洞、通道）中的无序溶剂分子。它通过电子密度积分估算溶剂的贡献，并将其视为“均匀背景”，而非直接“删除”密度。
局限性：
默认情况下，SQUEEZE依赖于溶剂区域的自动检测（如.solvent文件或Platon的掩模生成），无法直接指定任意坐标范围。
若噪音区域与溶剂无关（如晶体缺陷、实验伪影），SQUEEZE可能无法自动识别。
扩展应用的可能性：
手动定义区域：通过编辑.solvent文件或使用Platon的交互式工具手动划定噪音区域（需熟悉软件操作），可尝试强制SQUEEZE处理该区域。

DJ_Tokyo

感觉这个问题可以给PLATON SQUEEZE程序的作者发邮件问问看;P

casjxm

DJ_Tokyo 发表于 2025-3-28 18:03
感觉这个问题可以给PLATON SQUEEZE程序的作者发邮件问问看

好的，多谢指点

DJ_Tokyo

casjxm 发表于 2025-3-28 18:16
好的，多谢指点

指点不敢当，只是提个建议，祝好

李建喜

主动排除噪音区域的电子密度 方法：
方法一：使用精修软件屏蔽特定区域。
方法二：后处理电子密度文件：CCP4套件（mapmask/mapman）。