保留原始衍射照片文件的重要性-空间群问题2

DJ_Tokyo

相关软件：APEX4[1] (Version: ); Olex2[2] (Version: Olex2-1.5); SHELXL[3] (Version: SHELXL-2019/2); PLATON[4] (Version: 261023)

近日，处理了一个数据，空间群为Pī，整体质量如图1所示。

▲图1 本案例数据整体质量概览

解析精修完成后，用PLATON进行结构验证，如图2所示。

▲图2 PLATON结构验证结果

本以为没多大问题，对B级警报PLAT340（见推文“CheckCIF-PLAT340”）做个解释就了事，结果在线验证报告指出了之前没注意的问题，如图3所示，对于三斜晶系，a轴和b轴不应一样，而本案例中a = b，并且α = β。

▲图3 checkCIF结构验证报告

其实一开始，发现不对称单元中有两组分子，当时也没仔细看晶胞参数，见结构中有挺多原子椭球异常扁长，就顺手做了无序，等到checkCIF结构验证报告给出晶胞参数异常的提示时，才想起来可能是空间群不对，这时用PLATON检查缺失的对称性，结果因为无序原子较多而导致无法运行Addsym例程，如图4所示。

▲图4 因排除太多无序原子而无法运行Addsym

转而回到未做无序之前的状态再次运行Addsym，结果给出空间群可以由三斜Pī升级为单斜的第15号空间群的非标准空间群I2/c，如图5所示。（前面由于做了大量无序，结构验证报告未给出空间群升级的提示。）

▲图5 Addsym运行结果

其结果如图6所示。

▲图6 I2/c结果

考虑到I2/c是非标准形式的空间群，想着能否按标准空间群C2/c来解析。出现本案例的情况，很可能该数据原本是按三斜还原的，在APEX4中，BravaisLattice步骤时，其情况如图7所示，程序默认MonoclinicC，其FOM较高为0.88，程序默认的选择很合理，不知为何原作者要按三斜还原。

▲图7 Bravais Lattice结果

考虑到该数据衍射较弱，信噪比低，所以重新还原时将分辨率截断在0.84 Å，其最终结果如图8所示。

▲图8 重新还原后的解析结果

虽然R值和最初的基本上没多大改善，不过修正了空间群，且没有了B级警报，如图9所示。

▲图9 重新还原后解析结果的结构验证报告

结语

数据还原-结构解析这个过程有时可能会需要反复循环进行，所以保留原始衍射照片文件十分必要。

参考文献

[1]Bruker (2021). APEX4 (Version2021.4-1). Program for Data Collection onArea Detectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[2]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

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[4](a) Spek, A. L. Single-crystal structure validation with the program PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.