特殊无序绘图文献案例2

DJ_Tokyo

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特殊无序绘图文献案例2

案例来源：CCDC [1]: 2476437–2476440. Chem.Sci. 2026, 17, 1158–1166. DOI [2]: 10.1039/d5sc06333g.

案例结构平面结构示意图如图1所示（由ChemBioDraw [3]绘制）。

▲图1 案例结构平面结构示意图

CCDC 2476437和2476438不对称单元（ASU, asymmetric unit）结构如图2–3所示（由Olex2[3]呈现），其中前者为常温（293 K）数据，结构有序，而后者是高温（393 K）数据，结构中有机结构高度无序（PART -1，占有率为1/12 = 0.08333），顺带一提，温度升高导致无序是很常见的现象，因此由温度引发的无序，可通过降低温度测试来降低无序程度，甚至消除无序，参阅推文“文献案例-低温有序高温无序”，而温度升高会使得结构的对称性升高，故而常温下为单斜晶系第14号空间群P21/c，高温下为六方晶系第194号空间群P63/mmc。

▲图2 CCDC 2476437不对称单元结构

▲图3 CCDC 2476438不对称单元结构

CCDC 2476439和2476440不对称单元结构如图4–5所示，其中前者为常温（298 K）数据，正交晶系第62号空间群Pnma，结构中有机结构存在二重无序（PART -1，占有率为1/2 = 0.5），而后者是高温（440 K）数据，六方晶系第194号空间群P63/mmc，结构中有机结构高度无序（PART -1，占有率为1/12 = 0.08333），

▲图4 CCDC 2476439不对称单元结构

▲图5 CCDC 2476440不对称单元结构

对于高度无序的结构来说，绘制不对称单元结构图十分简单，可一旦要绘制堆积图，则对称操作会把其它无序组分全部显现出来，手动删除无序组分实在麻烦，因此很多时候就保留所有无序组分，如本案例结构，作者在论文中绘制的堆积图就是保留所有无序组分，如图6所示。

▲图6 文献中绘制的晶体结构图

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参考文献

[1]    (a)Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million CrystalStructures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI:10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.

[2]    (a)International Organization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – DigitalObject Identifier System.http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System.https://www.iso.org/standard/81599.html

[3]    Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.