空间群定错导致R因子居高不下

DJ_Tokyo

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空间群定错导致R因子居高不下

如图1所示（结构参数由Olex2 [1]呈现），最近有小伙伴的一个手性化合物，在正交晶系第18号空间群P21212（手性空间群）下解析，数据质量都还不错，但是R因子（R1 = 20.02%，wR2 = 56.10%）和GooF（3.381）居高不下，Flack参数 [2]也偏高，笔者想着会不会是孪晶，于是建议其做下孪晶拆分。

▲图1 数据情况和问题描述

然而其指标化率很高（98%以上），倒易空间点阵排列整齐，并且CELL NOW（参阅推文“APEX4孪晶拆分步骤(CELL_NOW)”）也没有找到孪晶晶畴，如图2–3所示。

▲图2 指标化率和倒易空间点阵

▲图3 CELL NOW处理结果

于是让对方把原始衍射数据发过来，24轮数据供7271帧衍射图，总大小为6.42 GB，用APEX6 [3]（无关APEX软件版本，只是笔者用的是APEX6而已）处理数据，在Bravais Lattice这一步时，如图4所示，程序默认选择的是Orthorhombic P，但该选项的诊断指标（FOM）并不高，只有0.54，此外还有Monoclinic P的可能性，不过其FOM也只有0.68，于是笔者选择TriclinicP进行后续还原。

▲图4 Bravais Lattice情况

在XPREP [4]中，检查更高公制对称性时，如图5所示，程序默认选择R(sym) = 0.000的Triclinic P晶格，但观察R(sym)值发现，第二个选项Monoclinic P的R(sym)较低，为0.047，其他三个选择都太大，于是笔者输入B选择第二个选项进行后面的空间群确定。

▲图5 公制对称性检查结果

最终结果如图6所示，为单斜晶系第4号空间群P21（手性空间群），R1 = 4.14%，wR2 = 10.55%，GooF = 1.056，Flack参数也很低，各方面都很正常。

▲图6 重新处理结果

参考文献

[1]    Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[2]    Flack,H. D. On Enantiomorph-Polarity Estimation. Acta Cryst. 1983,A39, 876–881. DOI: 10.1107/S0108767383001762.

[3]    Bruker(2024). APEX6 (Version 2025.6-0). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[4]    Bruker(2014). XPREP (Version 2014/2), Program for Space Group Determination.Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.