晶体数据还原示例57(金属周围奇怪残余峰触发AB级警报)

DJ_Tokyo

★声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中难免存在疏漏谬误，请不吝指正。

晶体数据还原示例57(金属周围奇怪残余峰触发AB级警报)

案例来源：CCDC [1]: 2535815. DOI [2]: 10.5517/ccdc.csd.cc2r3qh3.

其结构如图1（由ChemBioDraw [3]绘制）所示，为二水合甲酸钴。

▲图1 案例结构

该晶体由钼靶作为辐射光源测试，曝光时间为4秒，其衍射图如图2所示（由APEX6 [4]呈现）。

▲图2 衍射图

按正常步骤进行还原（参阅推文“布鲁克单晶数据还原操作步骤”），其指标化率和布拉菲晶格选择如图3–4所示。

▲图3 指标化率情况

▲图4 布拉菲晶格选择情况

数据还原选项设置如图5所示。

▲图5 数据还原选项设置

还原情况如图6所示，都挺正常。

▲图6 数据还原情况

结果如图7所示（结构由Olex2 [5]呈现，验证报告由PLATON [6]呈现），金属周围存在对称分布的奇怪残余峰，Mak Peak = 3.8，Min Peak = -3.4，R因子也很高（R1 = 11.25%，wR2 = 26.36%），有一大堆A警报如PLAT971（参阅推文“CheckCIF-PLAT971”）和PLAT973（参阅推文“CheckCIF-PLAT973”）以及B级警报如PLAT097（参阅推文“CheckCIF-PLAT097”）、PLAT098（参阅推文“CheckCIF-PLAT098”）、PLAT972（参阅推文“CheckCIF-PLAT972”）和PLAT975（参阅推文“CheckCIF-PLAT975”）。

▲图7 正常还原结果

纵观整个数据还原过程，并无不正常之处，也就吸收校正过程中参数精修步骤R因子曲线不理想，如图8所示，以及被排除衍射点比例高达15.05%，原因不明，如图9所示。

▲图8 R因子曲线

▲图9 被排除衍射点比例

于是将“RestraintESD for Scale Factors”由默认的0.005调整为最大值0.020，如图10所示。（参阅推文“APEX4中Scale步骤调整R因子曲线”。）

▲图10 调整“Restraint ESD for ScaleFactors”

此时R因子曲线如图11所示，较为理想（所谓理想状态是指Mean Weight曲线尽可能高，R(incid)和R(diffr)曲线迅速降低并呈平缓状）。

▲图11 调整“Restraint ESD for ScaleFactors”后的R因子曲线

经上述操作后，被排除衍射点比例骤降至2.27%，如图12所示。

▲图12 调整“Restraint ESD for ScaleFactors”后被排除衍射点比例

经上述处理后，金属周围再无奇怪残余峰，MaxPeak = 0.6，Min Peak = -0.6，R因子也大幅降低（R1 = 2.87%，wR2 = 7.58%），没有AB级警报，如图13所示。

▲图13 重新处理结果

相关视频：

单晶结构解析练习750(数据还原-非预期结构-残余峰-AB级警报)：https://www.bilibili.com/video/BV1akwRzFEao

数据下载：

链接:https://pan.baidu.com/s/1t-qAasY5mropKr67bQYLyg?pwd=5i9e

提取码: 5i9e

参考文献

[1]    (a)Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million CrystalStructures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI:10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.

[2]    (a)International Organization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – DigitalObject Identifier System.http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System.https://www.iso.org/standard/81599.html

[3]    (a)Klein, F. M. CS ChemDraw Pro,1 Version 3.1 for Windows. J. Chem. Inf. Comput.Sci. 1995, 35, 166–167. DOI: 10.1021/ci00023a026. (b)Cousins, K. R. ChemDraw 6.0 Ultra CambridgeSoft Corporation, 100 Cambridge ParkDrive, Cambridge, MA 02140. http://www.camsoft.com. Commercial Price:  $1395.Academic Price:  $699. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10257–10258. DOI: 10.1021/ja0047572.(c) Buntrock, R. E. ChemOffice Ultra 7.0. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 1505–1506. DOI: 10.1021/ci025575p. (d) Li, Z.; Wan, H.; Shi, Y.;Ouyang, P. Personal Experience with Four Kinds of Chemical Structure DrawingSoftware: Review on ChemDraw, ChemWindow, ISIS/Draw, and ChemSketch. J. Chem.Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 1886–1890. DOI: 10.1021/ci049794h.(e) Mendelsohn, L. D. ChemDraw8 Ultra, Windows and Macintosh Versions. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 2225–2226. DOI: 10.1021/ci040123t. (f) Cousins, K. R. ChemDrawUltra 9.0. CambridgeSoft, 100 CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. See Web site for pricing options. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4115–4116. DOI:10.1021/ja0410237. (g) Zielesny, A. Chemistry Software PackageChemOffice Ultra 2005. J. Chem. Inf.Model. 2005, 45, 1474–1477. DOI:10.1021/ci050273j. (h) Mills, N. ChemDraw Ultra 10.0 CambridgeSoft, 100CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. CommercialPrice:  $1910 for download, $2150 for CD-ROM; Academic Price:  $710 fordownload, $800 for CD-ROM. J. Am. Chem.Soc. 2006, 128, 13649–13650. DOI: 10.1021/ja0697875. (i) Kerwin, S. M.ChemBioOffice Ultra 2010 Suite. J. Am. Chem.Soc. 2010, 132, 2466–2467. DOI: 10.1021/ja1005306. (j) Milne, G. W. A. SoftwareReview of ChemBioDraw 12.0. J. Chem. Inf.Model. 2010, 50, 2053. DOI:10.1021/ci100385n. (k) Narayanaswamy, V. K.; Rissdörfer, M.; Odhav, B.Review on CambridgeSoft ChemBioDraw Ultra 13.0v. Int. J. Theor. Appl. Sci. 2013,5, 43–49.

[4]    Bruker(2024). APEX6 (Version 2025.6-0). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[5]    Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[6]    (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.