|
★声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中难免存在疏漏谬误，请不吝指正。 特殊无序晶体结构绘图案例1(文献案例) 案例来源：CCDC [1]: 2496753. Angew.Chem. Int. Ed. 2026, e23125. DOI [2]: 10.1002/anie.202523125. 案例结构为In[C(Ad)=PTer]（CCDC: 2496753），如图1所示（反应式由ChemBioDraw [3]绘制）。 ▲图1 CCDC 2496753结构 论文中绘制的晶体结构图如图2红色方框所示，单从该图及其题注来看，似乎没有无序。 ▲图2 论文中绘制的CCDC 2496753晶体结构图 实际上该结构中的金刚烷基团做了特殊无序处理（PART -1 10.50000），如图3所示（由Olex2[4]呈现），Grow后完整结构如图4所示。 ▲图3 CCDC 2496753不对称单元结构 ▲图4 CCDC 2496753完整结构（红色为金刚烷第二无序组分） 因为特殊无序的第二无序组分（或其他无序组分）是由其本身通过对称操作产生的，原子列表并不包含第二无序组分（或其他无序组分）原子及其坐标，所以无法像普通无序那样通过删除原子列表中第二无序组分（或其他无序组分）原子及其坐标来删除第二无序组分（或其他无序组分）原子及其坐标（参阅推文“无序结构绘图时仅保留一个组分”）。 此处以CCDC2496753为例，简单介绍Olex2、Diamond [5]和Mercury [6]中对于特殊无序结构绘图的步骤。 用Olex2打开CIF [7]文件，然后在Work选项卡下展开Toolbox Work，在Growing展开栏中ModeGrow下拉菜单中选择Shells，此时主体结构中出现可以生长的虚线，如图5红色箭头所指。 ▲图5 Work>>Toolbox Work>>Growing>>ModeGrow>>Shells 点击虚线可以生长出虚线端原子，点击有虚线的原子可以生长出与该原子伸出所有虚线端原子，最终生长结构如图6所示，随后按照常规步骤绘图并输出图片即可。 ▲图6 Olex2中得到完整结构 用Diamond打开CIF文件，选中生长点原子，然后点击直接填充配位球按钮（或按快捷组合键Shift+Ctrl+S），如图7所示。 ▲图7 选择生长点原子并按直接填充配位球按钮 生长后，再选择新的生长点原子，然后点击直接填充配位球按钮（或按快捷组合键Shift+Ctrl+S），循环往复直至得到完整结构，如图8所示，随后按照常规步骤绘图并输出图片即可。 ▲图8 Diamond中得到完整结构 Mercury打开CIF文件后，如图9所示，自动生长得到完整结构，并且显示第二无序组分。 ▲图9 Mercury打开CIF文件显示的结果 点击Disorder右侧的按钮可以切换无序组分（参阅视频“Mercury-无序组分切换显示：https://www.bilibili.com/video/BV1Uh4y1h7sY），如图10所示，随后按照常规步骤绘图并输出图片即可。（温馨提示：如果没有Disorder选项，请将Mercury更新至最新版本。） ▲图10 Mercury中得到完整结构 视频讲解和操作演示请参阅： 特殊无序晶体结构绘图案例1(文献案例)：https://www.bilibili.com/video/BV1GYcgzvEgW 如需论文PDF和晶体数据CIF文件，可从以下链接下载： 提取码: n1sq 参考文献 [1] (a)Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million CrystalStructures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI:10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2. [2] (a)International Organization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – DigitalObject Identifier System. http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System. https://www.iso.org/standard/81599.html[3] (a)Klein, F. M. CS ChemDraw Pro,1 Version 3.1 for Windows. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1995, 35, 166–167. DOI: 10.1021/ci00023a026. (b)Cousins, K. R. ChemDraw 6.0 Ultra CambridgeSoft Corporation, 100 Cambridge ParkDrive, Cambridge, MA 02140. http://www.camsoft.com. Commercial Price: $1395.Academic Price: $699. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10257–10258. DOI: 10.1021/ja0047572.(c) Buntrock, R. E. ChemOffice Ultra 7.0. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 1505–1506. DOI: 10.1021/ci025575p. (d) Li, Z.; Wan, H.; Shi, Y.;Ouyang, P. Personal Experience with Four Kinds of Chemical Structure DrawingSoftware: Review on ChemDraw, ChemWindow, ISIS/Draw, and ChemSketch. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 1886–1890. DOI: 10.1021/ci049794h.(e) Mendelsohn, L. D. ChemDraw8 Ultra, Windows and Macintosh Versions. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 2225–2226. DOI: 10.1021/ci040123t. (f) Cousins, K. R. ChemDrawUltra 9.0. CambridgeSoft, 100 CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. See Web site for pricing options. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4115–4116. DOI:10.1021/ja0410237. (g) Zielesny, A. Chemistry Software PackageChemOffice Ultra 2005. J. Chem. Inf.Model. 2005, 45, 1474–1477. DOI:10.1021/ci050273j. (h) Mills, N. ChemDraw Ultra 10.0 CambridgeSoft, 100CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. CommercialPrice: $1910 for download, $2150 for CD-ROM; Academic Price: $710 fordownload, $800 for CD-ROM. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13649–13650. DOI: 10.1021/ja0697875. (i) Kerwin, S. M.ChemBioOffice Ultra 2010 Suite. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 2466–2467. DOI: 10.1021/ja1005306. (j) Milne, G. W. A. SoftwareReview of ChemBioDraw 12.0. J. Chem. Inf.Model. 2010, 50, 2053. DOI:10.1021/ci100385n. (k) Narayanaswamy, V. K.; Rissdörfer, M.; Odhav, B.Review on CambridgeSoft ChemBioDraw Ultra 13.0v. Int. J. Theor. Appl. Sci. 2013, 5, 43–49. [4] Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726. [5] Brandenburg,K.; Putz, H. DIAMOND – Visual Crystal Structure Information System.Ver. 4.6.1; Crystal Impact: Bonn, Germany, 2019. [6] (a) Macrae,C. F., Edgington, P. R., McCabe, P., Pidcock, E., Shields, G. P., Taylor, R.,Towler, M. & van de Streek, J. Mercury:Visualization and Analysis of Crystal Structures J. Appl. Cryst. 2006, 39, 453–457. DOI:10.1107/S002188980600731X. (b) Macrae, C. F., Bruno, I. J.; Chisholm, J.A.; Edgington, P. R., McCabe, P., Pidcock, E., Rodriguez-Monge, L.; Taylor, R.;van de Streek, J.; Wood, P. A. Mercury CSD 2.0 – New Features for the Visualizationand Investigation of Crystal Structures. J. Appl. Cryst. 2008, 41,466–470. DOI: 10.1107/S0021889807067908.
| 
发表于 
