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★声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中难免存在疏漏谬误，请不吝指正。 晶体测试案例119(弱衍射晶体) 最近，同单位某课题组同学委托笔者帮忙测试一个含PdCHNCl元素的金属配合物晶体，该晶体在样品瓶采用液相扩散法培养晶体，在瓶底部析出少量晶体，如图1左所示，从中捞出部分晶体置于载玻片上用二甲基硅油（PDMS, polydimethylsiloxane/Dimethicone, CAS: 9006-65-9）包裹并在在显微镜下观察，如图1右所示，用粉刺针切割、清洗并扒拉出合适的晶体（红色箭头所指）进行测试。
▲图1 待测晶体 晶体尺寸经测量（参阅推文“布鲁克D8 VENTURE测量晶体尺寸操作步骤”或视频“APEX3 D8 Venture对心时晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1Cq4y1d7S5”“晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1hM4y1J71o”）为0.1274 × 0.1323 × 0.3680mm3，如图2‒4所示（由APEX3 [1]呈现），最大尺寸是其他尺寸的两倍以上，可描述为针状（needle）晶体，参阅视频“晶体尺寸和晶癖描述需保持一致：https://www.bilibili.com/video/BV1yb421B72r”。 ▲图2 晶体尺寸测量 ▲图3 晶体尺寸测量 ▲图4 晶体尺寸测量
▲图5 仪器拍摄的晶体照片 预实验已知最大晶轴约为21 Å，为避免出现B级警报PLAT910（参阅推文“CheckCIF-PLAT910”），将探测器与晶体之间的距离由默认的39.00 mm增大为60.0 mm（参阅推文“CheckCIF-B级警报PLAT910解决示例”“晶体测试案例20(B级警报PLAT910)”），因为钼靶测试衍射很弱（图9左），故而选用铜靶作为辐射光源，分辨率由程序默认的1.76 Å改为0.83 Å（收集足够分辨率），非手性化合物，对称性选择-1，计算得到的策略为17轮数据，其中前2轮为fastscan（第2轮fastscan添加了衰减），曝光时间为1秒，其他15轮曝光时间为10.0秒，步长为2.00°，预计总时长为4小时24分钟，如图6所示。 ▲图6 初始数据收集策略 如下调整：将fastscan曝光时间改为30秒，其他15轮数据曝光时间改为40秒，总时长变为20小时14分钟，如图7所示。 ▲图7 调整后数据收集策略 实际测试耗费近20小时31（比预计的多了17分钟），如图8所示，共收集1912帧衍射图，其中196帧过曝，占比约10%，总大小为1.41 GB。 ▲图8 实际测试情况 其衍射图如图9所示（由APEX4 [2]呈现）。
▲图9 衍射图
▲图10 衍射图 测完后，数据最终结果如图11所示（由Olex2 [3]呈现），衍射点弥散、杂乱，最终未能解出结构。 ▲图11 最终结果 参考文献 [1] Bruker (2018). APEX3 (Version 2018.7-2). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA. [2] Bruker (2021). APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA. [3] Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.
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发表于 2026-1-22 14:54:05
