SHELXL提示Cell contents from UNIT instruction and atom list do not agree何意

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SHELXL提示Cell contents from UNIT  instruction and atom list do not agree何意

文本所用软件/程序

GUI: Olex2[1], shelXle[2], XShell[3]    Structure refinement: SHELXL[4]

前段时间，武汉某高校友友提到如图1所示问题。

▲图1 问题描述

首先需要说明的是，“Cellcontents from UNIT instruction and atom list do not agree”（来自UNIT指令的晶胞内容和来自原子列表的晶胞内容不一致）是SHELXL提示，并不是Olex2提示。

当使用Olex2作为GUI时，Olex2背景的SHELXL输出提示如图2中红圈所示，同时在Olex2右上角精修指标之下会有红底白字呈现。

▲图2 Olex2中SHELXL输出提示

当使用shelXle作为GUI时，SHELXL输出提示中该提示以红底黄字给出，如图3所示。

▲图3 shelXle中SHELXL输出提示

当使用XShell作为GUI时，SHELXL输出提示如图4所示。

▲图4 XShell中SHELXL输出提示

不同的GUI中SHELXL输出提示的呈现不同，但内容是相同的。

接下来简单介绍一下“Cellcontents from UNIT instruction and atom list do not agree”具体代表的含义。

首先是“Cellcontents from UNIT instruction”，如图5所示，ins文件中SFAC指令（参阅推文“SHELXL指令之SFAC”）列出了该结构中的元素“C H O”，UNIT指令（参阅推文“SHELXL指令之UNIT”）列出了每个元素的数量：C是24个，H是44个，O是22个，ZERR指令（参阅推文“SHELXL指令之ZERR”）的第一个参数为晶胞中分子单元的数量，本例为2，据此计算的分子式（Cell contents）为C12H22O11。（C: 24/2 = 12; H:44/2 = 22; O: 22/2 = 11）

▲图5 “Cell contents from UNIT instruction”计算

另外就是“Cellcontents from atom list”，如图6所示为原子列表，从原子种类和原子占有率来计算分子式。

▲图6 原子列表

在Olex2中有一个快捷方式来查看原子列表计算的分子式，在Q峰隐藏的状态下Ctrl+A全选，然后输入指令info，如图7所示。

▲图7 Olex2中info指令

回车后可以看到所选内容的分子式，如图8所示，为C12H21O11。

▲图8 Olex2指令info结果

当“Cellcontents from UNIT instruction”（本例为C12H22O11）和“Cell contents fromatom list”（本例为C12H21O11）不一致（本例为H数量不一致）时，SHELXL输出提示就会发出“Cell contents fromUNIT instruction and atom list do not agree”提示，这是触发条件。

需要采取的措施就是更新分子式，在Olex2中只需点击界面右上角分子式后面的以当前模型更新分子式按钮即可，如图9所示。

▲图9 Olex2中更新分子式

在shelXle中只需点击SHELX下拉菜单中的更新UNIT指令选项即可，如图10所示。

▲图10 shelXle中更新分子式

而在XShell中则在ins文件中手动更改UNIT指令中元素的数量即可。

视频讲解请参阅：

结构精修中Cellcontents from UNIT instruction and atom list do not agree提示何意：https://www.bilibili.com/video/BV1iZ421N7tB

参考文献

[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.    [2] Hübschle, C.  B.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. ShelXle:  a Qt graphical user interface for SHELXL. J.  Appl. Cryst. 2011, 44, 1281–1284. DOI: 10.1107/S0021889811043202.    [3] Bruker (2004).  XShell (Version 6.3.1), Program for Structure Refinement. Bruker  AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.    [4] (a)  Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,  University of Göttingen, Germany, 2019. (b)  Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.  Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure  Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle,  C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors  for SHELXL – model, implementation and  application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. DOI:  10.1107/S2053273318013840.

声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。