解密-晶体测试案例59(弱衍射晶体)

DJ_Tokyo

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解密-晶体测试案例59(弱衍射晶体)

该晶体是2024年12月10日推文“晶体测试案例59(弱衍射晶体)”所诉案例，如今已发表SCI论文，现解密如下。

最近，同单位某课题组同学委托笔者帮忙测试一个含CHO元素的非手性纯有机化合物（diethyl (4Z,6E)-8-phenyl-15-(m-tolyl)-14-(m-tolylethynyl)-12,13-dihydro-11H-1(1,6)-indena-2(1,4)-benzenacyclooctaphane-4,6-diene-12,12-dicarboxylate[1], CCDC[2]: 2471518,DOI[3]: 10.5517/ccdc.csd.cc2nytdv），其结构如图1所示（由ChemBioDraw[4]绘制），晶体样品装在1.5毫升微量离心管中（干燥无溶剂），样品如图2所示。

                              

▲图1 案例结构

▲图2 晶体样品

用刮勺捞出一点，放在载玻片上用二甲基硅油（Dimethicone, CAS: 9006-65-9）包裹覆盖，在显微镜下观察如图3左所示，对晶体进行切割和清洗，结果如图3右所示，箭头所指部位切割下来的晶体为相同颜色方框中的晶体。

▲图3 显微镜下的晶体样品

最终选择了红色方框中的样品进行测试，其晶体尺寸经测量（参阅推文“布鲁克D8 VENTURE测量晶体尺寸操作步骤”或视频“APEX3 D8 Venture对心时晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1Cq4y1d7S5”“晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1hM4y1J71o”）为0.1391 × 0.3753 × 0.5116mm3，如图4‒6所示（由APEX3[5]呈现），最小尺寸不足另外两个尺寸二分之一，可描述为片状（plate）晶体，参阅视频“晶体尺寸和晶癖描述需保持一致：https://www.bilibili.com/video/BV1yb421B72r”。

▲图4 晶体尺寸测量

▲图5 晶体尺寸测量

▲图6 晶体尺寸测量

在晶体对心时，可顺便拍摄晶体照片（参阅推文“D8 Venture衍射仪拍摄晶体照片”）保存，可作为论文插图，如图7所示。

▲图7 拍摄的晶体照片

测定晶胞可知其最大晶轴大约16Å，为避免出现B级警报PLAT910（参阅推文“CheckCIF-PLAT910”），钼靶测试发现衍射较弱（图9左），于是在计算数据搜集策略时，光源直接改为铜靶，将探测器与晶体之间的距离由默认的39.00 mm增大为60.0 mm（参阅推文“CheckCIF-B级警报PLAT910解决示例”“晶体测试案例20(B级警报PLAT910)”），计算的初始数据收集策略如图8所示，共16轮数据，其中前2轮为fastscan（第2轮fastscan添加了衰减），fastscan的曝光时间为1秒，其他14轮数据曝光时间为10秒，步长为2.00°，预计总时长为4小时50分钟。

▲图8 数据收集策略

其衍射图如图9所示（由APEX4[6]呈现）。

▲图9 衍射图

测完后，据处理结果如图10所示（由Olex2[3]呈现），无AB级警报。

▲图10 最终数据结果

视频讲解请参阅：

单晶结构解析练习708(文献案例-数据还原-无序处理)：https://www.bilibili.com/video/BV1ApkdBPEtn

数据下载：

论文PDF+CIF：

链接:https://pan.baidu.com/s/19Y0UdDcquhKnHrxkr9PGJw?pwd=jbee

提取码: jbee

晶体数据：

链接:https://pan.baidu.com/s/1fSoRO24Ktrq4Wj4L8L0euA?pwd=ugen

提取码: ugen

参考文献

[1]    Xu, Z.; Lei, Y.; Chang, M.; Qiang, R.; Hu, Q.; Hu, Y. Formationof Complex Cyclic Compounds via a Dehydrogenative Diels–Alder Reaction. Org.Biomol. Chem. 2025, . DOI: 10.1039/d5ob01117e.

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[5]    Bruker (2018). APEX3 (Version 2018.7-2). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[6]    Bruker (2021). APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[7]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.