CCDC更新(2025.3 CSD)

DJ_Tokyo

★声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中难免存在疏漏谬误，请不吝指正。

CCDC更新(2025.3 CSD)

最近，收到了CCDC[1]官方发来的一封邮件，内容整理翻译对比如下（笔者姓名用Tokyo代替）：

Dear Tokyo,	亲爱的Tokyo：
We are pleased to confirm that the 2025.3  CSD data and software release is available now. CSD 6.01 has new structures  and additional data fields, such as resolution and the Flack parameter.  Software updates include interaction networks, PXRD optimization  capabilities, and mmCIF compatibility improvements.	我们很高兴确认2025.3  CSD数据和软件版本现已发布。CSD  6.01具有新的结构和额外的数据字段，如分辨率和Flack参数。软件更新包括交互网络、PXRD优化功能和mmCIF兼容性改进。

New Data Release - CSD 6.01	新数据发布——CSD 6.01
CSD 6.01 contains 1,413,222 entries  (1,374,731 structures), with 46% organic and 54% metal-organic structures.	CSD 6.01包含1413222个条目（1374731个结构），其中46%为有机结构，54%为金属有机结构。
In addition to the new structures, the  database has been further enhanced with important new fields, searchable in  the CSD Python API and visible in Mercury. These fields include Wavelength,  Resolution, Flack Parameter and Data Availability, providing users with more  information on the diffraction data.	除了新的结构外，数据库还进一步增强了重要的新字段，可在CSD Python API中检索，并在Mercury中可见。这些字段包括波长、分辨率、Flack参数和数据可用性，为用户提供有关衍射数据的更多信息。

New Software Features		新软件功能
This release includes:		此版本包含：
l    Interaction  Networks for CSD-Materials and CSD-Enterprise customers, which allows users  to find and visualize Periodic Bond Chains within a structure.    l    PXRD  Optimize functionality for CSD-Materials and CSD-Enterprise customers,  enabling the use of AutoFIDEL within the Mercury GUI to optimize a crystal  structure against an experimental powder pattern.    l    Enhanced  support of mmCIF files in our tools. GOLD can now produce output files in  mmCIF. CCD files reading is now supported.    l    New  prototype Python scripts for CSD-Materials and CSD-Enterprise customers:		l    CSD材料和CSD企业客户的交互网络，允许用户查找和可视化结构中的周期性键链。          l    PXRD为CSD材料和CSD企业客户优化功能，使Mercury GUI中的AutoFIDEL能够根据实验粉末图案优化晶体结构。       l    我们的工具中增强了对mmCIF文件的支持。GOLD现在可以生成mmCIF格式的输出文件。现在支持读取CCD文件。       l    CSD材料和CSD企业客户的新原型Python脚本：
	¡    High Z  prime Hydrogen Bond Propensity, which makes it simple to run HBP on a  structure with multiple molecules in the asymmetric unit.    ¡    Interaction  Analysis, which can be used to identify potential co-formers of interest for  co-crystal experiments.    ¡    Void  Network, which provides a more detailed breakdown of the voids within a  structure of interest. This will also be available to CSD-Frameworks  customers.		¡    高Z'氢键倾向，这使得在不对称单元中具有多个分子的结构上运行HBP变得简单。       ¡    相互作用分析，可用于识别共晶实验中感兴趣的潜在共形成物。       ¡    空隙网络，提供感兴趣结构内空隙的更详细细分。CSD-Frameworks客户也可以使用此功能。

How to Get the Update	如何获取更新
If you are on 2023.1 or later:	如果您是2023.1或更高版本：
l    Open  the CCDC Maintenance Tool from the menu, from the installation folder, or by  clicking Help > Check for Updates… in any CCDC desktop tool:	l    从菜单、安装文件夹或任何CCDC桌面工具中单击“帮助”>“检查更新…”打开CCDC维护工具：

l    Select Update  components and follow the instructions in the Maintenance Tool:

l    选择更新组件并按照维护工具中的说明进行操作：

If you are using software version 2022.3 or  earlier, or if this is your first time installing CSD software, Request  Download Links from Downloads.

如果您使用的是2022.3或更早版本的软件，或者这是您第一次安装CSD软件，请从Downloads中请求下载链接。

Retirements	报废
GoldMine is no longer supported. Users with  established protocols can contact support@ccdc.cam.ac.uk for more information  on using GOLD through the CSD Python API.	不再支持GoldMine。具有既定协议的用户可以联系support@ccdc.cam.ac.uk有关通过CSD Python API使用GOLD的更多信息。

If you have problems installing the update,  see this FAQ for more details and other options.

如果您在安装更新时遇到问题，请参阅此常见问题解答以了解更多详细信息和其他选项。

Please contact our support team if you have  any questions about updating to 2025.3.

如果您对更新到2025.3有任何疑问，请联系我们的支持团队。

Best wishes,    Kevin Back, Product Manager, The CCDC

最美好的祝福，    Kevin Back，CCDC产品经理

以下是笔者更新过程记录：

在Mercury[2]中Help下拉菜单中点击“Check for Updates…”，如图1所示。

▲图1 Help>>Check for Updates…

点击“Check forUpdates…”，几秒后，弹出如图2所示对话框，提示“An update is available. To download and installit, click on Install on exit.”（有更新可用。要下载并安装它，请单击退出时安装。）。

▲图2 更新对话框

点击“Installon exit”后，上述“Updateavailable”对话框消失，然后关闭Mercury，随即弹出如图3所示“维护 CSD Portfolio”对话框，并默认勾选“更新组件”。

▲图3 “维护 CSD Portfolio”对话框

点击“下一步”，随即界面跳转至如图4所示选择组件界面（默认全选）。

▲图4 选择组件

点击“下一步”，界面跳转如图5所示，已准备好安装。

▲图5 准备更新包

点击“更新”，进入更新页面，如图6所示。

▲图6 更新进度

随后耐心等待即可。

完成后，界面如图7所示，点击“完成”即可，如果点击“重新启动”，则会回到图3界面。

▲图7 完成更新界面

如图8所示为更新的组件桌面快捷键。

▲图8 更新的组件桌面快捷键

CCDC ConQuest中View Databases更新前如图9所示，为“CSD version 6.00 (Apr 2025)”。

▲图9 更新前的Databases

更新后如图10所示，为“CSD version 6.01 (Nov 2025)”。

▲图10 更新后的Databases

参考文献

[1]    (a)Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million CrystalStructures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI: 10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.

[2]    Macrae,C. F., Edgington, P. R., McCabe, P., Pidcock, E., Shields, G. P., Taylor, R.,Towler, M. & van de Streek, J. Mercury:Visualization and Analysis of Crystal Structures J. Appl. Cryst. 2006, 39, 453–457. DOI:10.1107/S002188980600731X.