CIF必填项-结构解析方法(PLAT883)

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CIF必填项-结构解析方法(PLAT883)

CIF[1]文件中记录结构解析方法（用于定位初始原子位点的方法的代码）的条目为“_atom_sites_solution_primary”（参阅推文“CIF核心词典-ATOM_SITES”），记录解析方法对应解析程序及其参考文献的条目为“_computing_structure_solution”（参阅推文“CIF核心词典-COMPUTING”），此外还有记录，记录除了初始原子之外非氢原子位点方法的代码的条目“_atom_sites_solution_secondary”以及氢原子位点确定方法的代码的条目“_atom_sites_solution_hydrogens”，这三个条目基本含义如下。

_atom_sites_solution_primary		(char)
Codes  which identify the methods used to locate the initial atom sites. The  *_primary code identifies how the first atom sites were determined; the  *_secondary code identifies how the remaining non-hydrogen sites were  located; and the *_hydrogens code identifies how the hydrogen sites were  located.			识别用于定位初始原子位点的方法的代码。*_primary标识第一个原子位点是如何确定的；*_secondary代码标识剩余的非氢位点是如何定位的；以及*_hydrogens代码标识氢位点是如何定位的。
Reference:  Sheldrick, G. M., Hauptman, H. A., Weeks, C. M., Miller, R. and Usón, I.  (2001). Ab initio phasing. In International Tables for Crystallography,  Vol. F. Crystallography of biological  macromolecules, edited by M. G. Rossmann and E. Arnold, ch.16.1.  Dordrecht: Kluwer Academic Publishers.			参考文献：Sheldrick,  G. M., Hauptman, H. A., Weeks, C. M., Miller, R. and Usón, I. (2001). Ab initio phasing. In International Tables for Crystallography,  Vol. F. Crystallography of biological  macromolecules, edited by M. G. Rossmann and E. Arnold, ch.16.1.  Dordrecht: Kluwer Academic Publishers.
difmap	difference  Fourier map			差值傅里叶图
vecmap	real-space  vector search			实空间矢量搜索
heavy	heavy-atom  method			重原子法
direct	structure-invariant  direct methods			结构不变直接法
geom	inferred  from neighbouring sites			由相邻位点推断
disper	anomalous-dispersion  techniques			反常散射技术
isomor	isomorphous  structure methods			同构结构法
notdet	coordinates  were not determined			坐标未确定
dual	dual-space  method (Sheldrick et al., 2001)			双空间法（Sheldrick  et al., 2001）
iterative	iterative  algorithm, e.g. charge flipping  [Oszlányi, G. and Süto, A. (2004). Acta  Cryst. A60, 134-141]			迭代算法，例如电荷翻转[Oszlányi,  G. and Süto, A. (2004). Acta Cryst.  A60, 134-141]
other	a  method not included elsewhere in this list			此列表中其他位置未包含的方法
[atom_sites]			[atom_sites]

_atom_sites_solution_secondary		(char)
Codes  which identify the methods used to locate the initial atom sites. The  *_primary code identifies how the first atom sites were determined; the  *_secondary code identifies how the remaining non-hydrogen sites were  located; and the *_hydrogens code identifies how the hydrogen sites were  located.			识别用于定位初始原子位点的方法的代码。*_primary标识第一个原子位点是如何确定的；*_secondary代码标识剩余的非氢位点是如何定位的；以及*_hydrogens代码标识氢位点是如何定位的。
Reference:  Sheldrick, G. M., Hauptman, H. A., Weeks, C. M., Miller, R. and Usón, I.  (2001). Ab initio phasing. In International Tables for Crystallography,  Vol. F. Crystallography of biological  macromolecules, edited by M. G. Rossmann and E. Arnold, ch.16.1.  Dordrecht: Kluwer Academic Publishers.			参考文献：Sheldrick,  G. M., Hauptman, H. A., Weeks, C. M., Miller, R. and Usón, I. (2001). Ab initio phasing. In International Tables for Crystallography,  Vol. F. Crystallography of biological  macromolecules, edited by M. G. Rossmann and E. Arnold, ch.16.1.  Dordrecht: Kluwer Academic Publishers.
difmap	difference  Fourier map			差值傅里叶图
vecmap	real-space  vector search			实空间矢量搜索
heavy	heavy-atom  method			重原子法
direct	structure-invariant  direct methods			结构不变直接法
geom	inferred  from neighbouring sites			由相邻位点推断
disper	anomalous-dispersion  techniques			反常散射技术
isomor	isomorphous  structure methods			同构结构法
notdet	coordinates  were not determined			坐标未确定
dual	dual-space  method (Sheldrick et al., 2001)			双空间法（Sheldrick  et al., 2001）
iterative	iterative  algorithm, e.g. charge flipping  [Oszlányi, G. and Süto, A. (2004). Acta  Cryst. A60, 134-141]			迭代算法，例如电荷翻转[Oszlányi,  G. and Süto, A. (2004). Acta Cryst.  A60, 134-141]
other	a  method not included elsewhere in this list			此列表中其他位置未包含的方法
[atom_sites]			[atom_sites]

_atom_sites_solution_hydrogens		(char)
Codes  which identify the methods used to locate the initial atom sites. The  *_primary code identifies how the first atom sites were determined; the  *_secondary code identifies how the remaining non-hydrogen sites were  located; and the *_hydrogens code identifies how the hydrogen sites were  located.			识别用于定位初始原子位点的方法的代码。*_primary标识第一个原子位点是如何确定的；*_secondary代码标识剩余的非氢位点是如何定位的；以及*_hydrogens代码标识氢位点是如何定位的。
Reference:  Sheldrick, G. M., Hauptman, H. A., Weeks, C. M., Miller, R. and Usón, I.  (2001). Ab initio phasing. In International Tables for Crystallography,  Vol. F. Crystallography of biological  macromolecules, edited by M. G. Rossmann and E. Arnold, ch.16.1.  Dordrecht: Kluwer Academic Publishers.			参考文献：Sheldrick,  G. M., Hauptman, H. A., Weeks, C. M., Miller, R. and Usón, I. (2001). Ab initio phasing. In International Tables for Crystallography,  Vol. F. Crystallography of biological  macromolecules, edited by M. G. Rossmann and E. Arnold, ch.16.1.  Dordrecht: Kluwer Academic Publishers.
difmap	difference  Fourier map			差值傅里叶图
vecmap	real-space  vector search			实空间矢量搜索
heavy	heavy-atom  method			重原子法
direct	structure-invariant  direct methods			结构不变直接法
geom	inferred  from neighbouring sites			由相邻位点推断
disper	anomalous-dispersion  techniques			反常散射技术
isomor	isomorphous  structure methods			同构结构法
notdet	coordinates  were not determined			坐标未确定
dual	dual-space  method (Sheldrick et al., 2001)			双空间法（Sheldrick  et al., 2001）
iterative	iterative  algorithm, e.g. charge flipping  [Oszlányi, G. and Süto, A. (2004). Acta  Cryst. A60, 134-141]			迭代算法，例如电荷翻转[Oszlányi,  G. and Süto, A. (2004). Acta Cryst.  A60, 134-141]
other	a  method not included elsewhere in this list			此列表中其他位置未包含的方法
[atom_sites]			[atom_sites]

对于这三个条目，如果“_atom_sites_solution_primary”条目信息缺失（即，该条目值为“?”），如图1所示。

▲图1 “_atom_sites_solution_primary”条目信息缺失

则会触发G级警报PLAT883（参阅推文“CheckCIF-PLAT881-883”），如图2所示。

▲图2 G级警报PLAT883

而将“_atom_sites_solution_primary”条目信息补上后，例如SHELXT[2]结构解析方法代码“dual”，如图3所示，则不会存在G级警报PLAT883，如图4所示。

▲图3 “_atom_sites_solution_primary”条目信息

▲图4 “_atom_sites_solution_primary”条目信息完整的验证报告

从完善CIF文件的信息科学角度考虑，这三个条目的信息均应正确填写。

不过这些条目的信息即便缺失，也仅仅是触发最低等级的警报，如果是不甚在意的审稿人，倒也没啥大问题，但遇到较真的审稿人，则回触发如下审稿意见（参阅推文“审稿意见-原子位置解析方法填写”）：

A couple of fields seem blank afterre-refinements: "_atom_sites_solution_hydrogens","_atom_sites_solution_primary ?","_atom_sites_solution_secondary ?", please add for completeness.

常见解析程序及其对应解析方法代码的填写案例可参阅推文“如何从CIF中获取结构解析程序和方法信息”。

氢原子确定方法条目“_atom_sites_solution_hydrogens”信息通常不会缺失，SHELXL[3]程序会自动填写。

如果从最初解析到最后生成CIF文件都在一个文件夹中进行，记录解析方法对应解析程序及其参考文献条目“_computing_structure_solution”信息和记录结构解析方法的条目“_atom_sites_solution_primary”信息SHELXL也能自动填写。但如果中途更换文件夹，例如将res或ins和hkl文件单独放到一个新的文件夹中进行处理，最终在这个新的文件夹中生成CIF文件，则这两个条目的信息可能会缺失，那就需要手动填写。

而“_atom_sites_solution_secondary”条目信息则需要手动填写。

因此，在生成最终CIF文件后，必须打开CIF文件检查这三个条目信息是否缺失，并将其补全。

视频讲解请参阅：

CIF必填项-结构解析方法(PLAT883)：https://www.bilibili.com/video/BV1jSEVzwERu

参考文献

[1]    (a) Hall, S. R.;Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File (CIF): A NewStandard Archive File for Crystallography. ActaCryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

[2]    (a) Sheldrick, G.M. SHELXS-97, Program for Crystal Structure Solution. University of Göttingen,Germany, 1997. (b) Sheldrick, G. M. Phase Annealing in SHELX-90: Direct Methodsfor Larger Structures. Acta Cryst. 1990, A46, 467‒473. DOI:10.1107/S0108767390000277.

[3]    (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen,Germany, 2019. (b)Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI:10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218.(d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.;Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical ScatteringFactors for SHELXL – Model,Implementation and Application. ActaCryst. 2019, A75, 50–62. DOI:10.1107/S2053273318013840.

声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。