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C60球心距测量(Olex2和Diamond) 最近，有小伙伴提到如图1所示问题。 ▲图1 问题描述 以下以论文“J. Am. Chem. Soc. 2024, 146, 27977‒27982. DOI[1]:10.1021/jacs.4c09102.”中CCDC[2] 2351045结构——如图2所示（由ChemBioDraw[3]绘制）——为例讲解如何使用Olex2[4]和Diamond[5]来测量球状结构（如C60）球心距以及绘制两个球心距示意图。 ▲图2 案例结构 从CCDC下载其CIF[6]文件2351045.cif，用Olex2打开如图3所示为其不对称单元ASU（asymmetric unit）结构。 ▲图3 CCDC 2351045 ASU结构 按下快捷组合键Ctrl+G，如图4所示，会显示“生长”键。 ▲图4 “生长”键 点击红色箭头所指C60结构片段伸出来的“生长”键，结果如图5所示。 ▲图5 生长得到完整的C60片段 调整视图至合适角度，按住Shift键不放，用鼠标左键拖动画一个矩形框将C60框选住，如图6所示。 ▲图6 框选C60 然后按下快捷组合键Ctrl+I进行反选，如图7所示。 ▲图7 反选结果 然后按下Delete键进行删除，此时界面中只剩一个C60片段，如图8所示。 ▲图8 界面中只剩C60片段 输入指令“mode pack”并回车，如图9所示，显示很多红色正四面体，2个邻近正四面体代表1个完整C60（1个代表半个C60）。 ▲图9 mode pack 用鼠标左键点击相应的正四面体可以将其生长出来，如图10所示。 ▲图10 通过mode pack得到两个C60片段 框选其中一个C60，并输入“cent”指令，如图11所示。 ▲图11 选择C60并输入cent指令 回车后，即可在两个C60球心插入假原子，如图12所示。 ▲图12 在C60球心插入的假原子 此时，使用“sel”或“esd”指令测量两个假原子之间的距离即为两个C60的球心距，而选中两个假原子后输入“line”并回车，即可在两个假原子之间插入一条线，并显示距离，如图13所示，将鼠标放在该线上单击鼠标右键，在Graphics的Drawstyle中可以设置该线的颜色，在Primitives中可以设置该线的样式。 ▲图13 在两个假原子之间创建连线 在Diamond中打开该CIF文件，如图14所示。 ▲图14 Diamond中打开2351045.cif 点击界面底部的DestroyAll按钮或者按快捷组合键Shift+Ctrl+D，然后点击Add All Atoms and Bonds按钮或者按快捷组合键Shift+Ctrl+A，得到如图15所示结果。 ▲图15 添加所有原子和键 然后点击CompleteFragments按钮或者按快捷组合键Shift+Ctrl+F，得到完整C60片段，如图16所示。 ▲图16 完整C60片段 调整合适视图视角，然后在Notricking模式下用鼠标左键框选C60，如图17所示。 ▲图17 框选C60 然后按下快捷组合键Ctrl+I进行反选，结果如图18所示。 ▲图18 反选结果 然后按下Delete键，此时界面中只剩下一个C60片段，如图19所示。 ▲图19 界面中只剩下C60片段 然后点击CreateNeighbouring Molecules（创建邻近分子）按钮或者按快捷组合键Shift+Ctrl+Z，得到如图20所示结果。 ▲图20 创建邻近分子 然后框选需要保留的C60，再反选后删除，界面中保留两个C60片段，如图21所示。 ▲图21 得到所需的两个C60片段 随后框选其中一个C60，选择Structure下拉菜单中的Insert Atom，如图22所示。 ▲图22 Structure>>InsertAtom 弹出InsertAtom窗口，如图23所示，无需修改任何参数，直接点击OK即可。 ▲图23 Insert Atom 插入的假原子是无色的，因此需修改其颜色才能显示出来，如图24所示。 ▲图24 在其中一个C60球心插入假原子 随后，按相同步骤在另一个C60球心插入假原子并修改其颜色，结果如图25所示。 ▲图25 两个C60球心均插入假原子 接着，在Build下拉菜单中选择Insert Bonds，如图26所示。 ▲图26 Build>>Insert Bonds 然后依次点击这两个假原子，即可在两者之间插入一根键，如图27所示，将鼠标悬停在该键上即可查看两个C60之间的球心距。 ▲图27 在球心之间插入键 也可对该键进行颜色和样式设置，如图28所示。 ▲图28 设置键的颜色和样式 视频讲解和操作演示请参阅： C60球心距测量(Olex2和Diamond)：https://www.bilibili.com/video/BV1aNNde1Ext 如需数据进行练习，请从以下链接下载： 提取码: mia7 参考文献 [1] (a) InternationalOrganization for Standardization (2012). 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DOI:10.1021/ci00019a005. 声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。
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发表于 2025-9-17 06:41:37
