文件夹名称问题导致Olex2无法正常将信息写入CIF

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文件夹名称问题导致Olex2无法正常将信息写入CIF

如图1所示，文件夹名称为“XYZ-A=B&C”，含特殊字符“=”和“&”，晶体数据文件名称为“exp_216_auto”，不含特殊字符。

▲图1 文件夹和晶体数据名称

在使用Olex2[1]调用SHELXL[2]进行精修时，Olex2主界面有这么一句提示“Could not find file: C:\Users\dongj\Desktop\XYZ-A=B”（无法找到文件：C:\Users\dongj\Desktop\XYZ-A=B），与实际路径“C:\Users\dongj\Desktop\XYZ-A=B&C”相比，少了“&C”，如图2所示，显然特殊字符“&”是罪魁祸首。

▲图2 Olex2提示

展开Work选项卡下的Report栏，虽然Olex2主界面提示“All 19 conflicts have been resolved”（所有19个冲突均已解决），但是CIF[3]文件中相应相应条目均为问号，如图3所示，显然Olex2没有成功将cif_od中相关内容写入CIF文件。

▲图3 问题展示

调用PLATON[4]进行结构验证是可以正常进行的，但由于Olex2没有成功将cif_od中相关内容写入CIF文件，因此导致A级警报，如图4所示。

▲图4 CIF中信息缺失导致的A级警报

于是将文件夹名称改为最简单的1，如图5所示。

▲图5 修改文件夹名称

此时再进行精修，Olex2顺利读取cif_od文件内容并将其写入CIF文件，如图6所示。

▲图6 问题解决

所以说，在进行精修时，晶体数据所在文件夹不要采用特殊字符。

相关内容：

推文：

1.        晶体笔记|晶体数据文件名称

2.        晶体信息表格项目之标识码和数据名称

3.        晶体数据名称问题

4.        晶体数据名称问题2

5.        晶体数据名称问题3

6.        晶体数据名称问题4-数据名称为0的CIF其checkcif报告只有结构图

7.        不应出现的晶体数据审稿意见-重复的数据名称

8.        晶体数据审稿意见-数据名称

9.        CIF文件名含特殊字符导致无法在线CheckCIF

10.    数据名称不当导致申请CCDC号无法进行

11.     晶体数据名称大小写问题

12.     数据名称问题导致Olex2无法进行溶剂遮掩

13.    CIF数据名称问题导致无法申请CCDC案例1

视频：

1.        合并CIF文件数据名称重复问题：https://www.bilibili.com/video/BV1bK411w7jr

2.        晶体数据名称问题1：https://www.bilibili.com/video/BV1bd4y1T7Rd

3.        晶体数据名称问题2：https://www.bilibili.com/video/BV1pa411K7Hj

4.        晶体数据名称问题3：https://www.bilibili.com/video/BV1Ad4y1W7GW

5.        晶体数据名称问题4：https://www.bilibili.com/video/BV1gh4y177xz

6.        PWT打开文件问题(名称不能有空格)：https://www.bilibili.com/video/BV1HC411a7cJ

7.        APEX软件处理数据文件夹名称问题：https://www.bilibili.com/video/BV1bF4m1P7Fy

8.        晶体数据审稿意见-数据名称问题：https://www.bilibili.com/video/BV1vr421g7cv

9.        数据名称不当导致申请CCDC号无法进行：https://www.bilibili.com/video/BV1ar421w7VS

10.    CIF文件名含特殊字符导致无法在线CheckCIF：https://www.bilibili.com/video/BV1yF411v7hM

11.    文件夹名称问题导致Olex2无法正常将信息写入CIF：https://www.bilibili.com/video/BV1PAhDzGEPw

修改数据名称可参阅如下视频：

Olex2调用XP更改文件名：https://www.bilibili.com/video/BV1ce411x7M6

Olex2基操-更改数据名称和添加CCDC号：https://www.bilibili.com/video/BV1yi4y127fD

晶体数据名称修改——无需任何程序或软件：https://www.bilibili.com/video/BV1HW4y1T7z5

参考文献

[1]    Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

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