晶体测试案例77(挥发法培养晶体)

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晶体测试案例77(挥发法培养晶体)

最近，同单位某课题组同学委托笔者帮忙测试一个含CHNO元素的纯有机物晶体，只知道原料结构，因此测试晶体以确定结构，该晶体在小样品瓶中用保鲜膜封口并扎小孔采用挥发法培养晶体，如图1所示。

▲图1 保鲜膜封口挥发法培养晶体

从显微镜下观察，发现有一颗单独的晶体看起来不错，如图2左红色箭头所指，于是在粉刺针尖端涂抹少量真空硅脂将其从溶液中沾取出来，放在载玻片上在显微镜下观察，如图2右红色箭头所指，无明显裂痕和附着物。

▲图2 晶体的挑选

晶体尺寸经测量（参阅推文“布鲁克D8 VENTURE测量晶体尺寸操作步骤”或视频“APEX3 D8 Venture对心时晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1Cq4y1d7S5”“晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1hM4y1J71o”）为0.2713 × 0.4559 ×0.5105 mm3，如图3‒5所示（由APEX3[1]呈现），尺寸无明显特征，可描述为块状（block）晶体，参阅视频“晶体尺寸和晶癖描述需保持一致：https://www.bilibili.com/video/BV1yb421B72r”。

▲图3 晶体尺寸测量

▲图4 晶体尺寸测量

▲图5 晶体尺寸测量

在晶体对心时，可顺便拍摄晶体照片（参阅推文“D8 Venture衍射仪拍摄晶体照片”）保存，可作为论文插图，如图6所示。

▲图6 仪器拍摄的晶体照片

预实验已知最大晶轴约为20 Å，为避免出现B级警报PLAT910（参阅推文“CheckCIF-PLAT910”），将探测器与晶体之间的距离由默认的39.00 mm增大为60.0 mm（参阅推文“CheckCIF-B级警报PLAT910解决示例”“晶体测试案例20(B级警报PLAT910)”），分辨率由程序给定的0.65 Å改为0.77 Å（节省时间），非手性化合物，对称性选择-1，辐射光源选择钼靶，计算得到的策略为7轮数据，其中前2轮为fastscan（第2轮添加了衰减），曝光时间为1秒，其他5轮曝光时间为10.0秒，步长为0.80°，预计总时长为3小时58分钟，如图7所示。

▲图7 初始数据收集策略

为节省时间，对数据收集策略做如下调整：保留fastscan并将其曝光时间改为2秒，步长改为2.00°，其他5轮数据曝光时间改为2秒，总时长缩短为31分钟，如图8所示。

▲图8 调整后的数据收集策略

其衍射图如图9所示（由APEX4[2]呈现）。

▲图9 衍射图

测完后，数据最终结果如图10所示（由Olex2[3]呈现），无AB级警报。

▲图10 最终结果

参考文献

[1]    Bruker (2018). APEX3 (Version 2018.7-2). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[2]    Bruker (2021). APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[3]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

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