晶体数据审稿意见-原子排序

DJ_Tokyo

晶体数据审稿意见-原子排序

文本所用软件/程序

GUI: Olex2[1]

最近，中科院某所有小伙伴遇到如下审稿意见：

审稿意见

大意

The  atom list should not be random. That is a nuisance. So please sort the atom  list before the final CIF is generated. Cd should go first, followed by C, N  and O atoms. Then bonds will appear in the CIF as a chemist would write them  (e.g. Cd-O, C-N, C-O and so on). With regard to the ordering of atoms in the  .cif file – a quick "sort" command will do this and it is helpful  to any readers of the structure. Please upload the revised .cif file to the  CCDC as well as to ScholarOne with the revised manuscript.

原子列表不应是随机的。那太讨厌了。因此，请在生成最终CIF之前对原子列表进行排序。Cd应该排在第一位，其次是C、N和O原子。然后，化学键将出现在CIF中，就像化学家写的那样（例如Cd-O、C-N、C-O等）。关于.cif文件中原子的排序，一个快速的“sort”命令可以做到这一点，这对结构的任何读者都有帮助。请将修订后的.cif文件上传至CCDC，并与修订后的手稿一起上传至ScholarOne。

该审稿意见的应对很简单，只需要对原子列表进行规范排序即可，在Olex2中可以使用Work选项卡下的排序功能对原子列表进行排序，如图1所示。

▲图1 Olex2中的排序功能

视频讲解请参阅：

晶体数据审稿意见-原子排序：https://www.bilibili.com/video/BV1x2421Z7mP

参考文献

[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

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