晶体数据审稿意见-原子列表排序

DJ_Tokyo

晶体数据审稿意见-原子列表排序

审稿意见：

Theatoms in the coordinate list and in all subsequent lists for these structuresare in a random order in the CIFs. This is not best practice but fortunately iseasily corrected. The atoms in the SHELXL .ins file for each revised structureshould be reordered to be in a logical sequence, the refinement redone and theCIF etc., remade. This will help the reader who wishes to use the CIF.

大意：

这些结构的坐标列表和所有后续列表中的原子在CIF[1]中的顺序是随机的。这不是最佳做法，但幸运的是很容易纠正。SHELXL[2] .ins文件中每个修订结构的原子都应该按照逻辑顺序重新排序，重新进行精修和生成CIF等。这将有助于希望使用这些CIF的读者。

结构精修中给原子进行编号和排序是重要的一环，这些问题也经常触发相关审稿意见（见文末推文），事实上条理逻辑清晰的原子编号和排序，不论是对于论文写作，还是结构查看，或者参数（键长键角等）查阅都是大有裨益的。

最近有小伙伴遇到如图1所示有关排序的问题。

▲图1 问题描述

其实结构精修中可能存在各种分组，这些分组有时就会对原子排序造成影响，就如上图中小伙伴遇到的情况。

所有有序原子均属于PART 0，一旦对某些原子做了无序处理，那么无序的原子就会被分非0序号PART指令（参阅推文“SHELXL指令之PART”）分组。

如果对某些原子施加刚性基团限制（如AFIX 56、AFIX66、AFIX 116等），则这些基团就会被这些AFIX指令（参阅推文“SHELXL指令之AFIX”）分组。

如果对某些原子施加SAME限制，那么这些原子也就被SAME指令（参阅推文“SHELXL指令之SAME”）分组了。

类似的还有RESI指令（参阅推文“SHELXL指令之RESI”）。

这些自带分组属性的指令应当在排序之后使用，否则可能无法得到预期排序效果。

有关原子编号和排序的审稿意见推文：

晶体数据审稿意见-原子编号以及无序处理

晶体数据审稿意见-原子编号和排序

不应出现的晶体数据审稿意见-原子冗余标签

晶体数据审稿意见-标签+AB级警报+嵌入HKL

晶体数据审稿意见-原子标签

晶体数据审稿意见-原子排序

晶体数据审稿意见-原子名称标准化和原子排序

视频讲解请参阅：

晶体数据审稿意见-原子列表排序：https://www.bilibili.com/video/BV1GxKMeSEqc

参考文献

[1]    (a) Hall, S. R.;Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File (CIF): A NewStandard Archive File for Crystallography. ActaCryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

[2]    (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen,Germany, 2019. (b)Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI:10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218.(d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.;Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical ScatteringFactors for SHELXL – Model,Implementation and Application. ActaCryst. 2019, A75, 50–62. DOI:10.1107/S2053273318013840.

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