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无序示例-四氮唑二组分无序 本文案例结构如图1所示为四氮唑衍生物，其N和C上有相同的结构片段。 ▲图1 案例结构 在Olex2[1]中按下Ctrl+M快捷键查看差值电子密度图，如图2所示，明显看出C1处为正，表明该处应为比碳更大的原子，而N1附近为负，表明该处应为比氮更小的原子。 ▲图2 四氮唑附近差值电子密度图 从上述分析推断，结合四氮唑结构，应存在如图3所示四氮唑朝向两个相反方向的取向无序。 ▲图3 无序构象构思 实际上整个结构片段只有C1和N1处差值电子密度异常，其他原子处差值电子密度正常，并且原子椭球均正常，因此无序方案设计为如图4所示，只对C1和N1这两个原子做无序处理即可——整个结构做无序会增加参数数量，从而导致数据参数比降低。 ▲图4 无序方案 直接做无序处理，不添加任何限制的情况下，两个组分的几何结构可能会发生严重变形，而且原子变成非正定，如图5所示。 ▲图5 无任何限制的无序结果 四氮唑五元环180°翻转后，N1和C1A的位置几乎相同，C1和N1A的位置几乎相同，因此可以使用EXYZ指令（参阅推文“SHELXL指令之EXYZ”）使这两对原子具有相同的原子坐标，使用EADP指令（参阅推文“SHELXL指令之EADP”）使这两对原子具有相同的原子位移参数，添加限制指令后，用SHELXL[2]精修至收敛，结果如图6所示，四氮唑附近残值电子密度图非常干净，R因子降低了一些。 ▲图6 无序处理结果 视频讲解请参阅： 无序示例-四氮唑二组分无序：https://www.bilibili.com/video/BV1i1tmeREb8 参考文献 [1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R.J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2:A Complete Structure Solution, Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst.2009, 42, 339–341. DOI:10.1107/S0021889808042726. [2] (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen,Germany, 2019. (b)Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. CrystalStructure Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.;Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scatteringfactors for SHELXL – model,implementation and application. ActaCryst. 2019, A75, 50–62. DOI:10.1107/S2053273318013840. 声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。 如需PDF文档，请从以下链接下载： 通过网盘分享的文件：无序示例-四氮唑二组分无序.pdf
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发表于 2025-7-22 07:07:01
