晶体数据审稿意见-特殊精修细节和限制或约束的书写

DJ_Tokyo

晶体数据审稿意见-特殊精修细节和限制或约束的书写

文本所用软件/程序

GUI: Olex2[1]    Refinement: SHELXL[2]

案例来源：Nat. Chem. 2024, DOI: 10.1038/s41557-024-01555-4.

审稿意见	大意
1) General point, the  “_refine_special_details ?” field should be completed for each cif where  restraints are used and/or disorder is present. I was able to parse what the  authors did in disorder models from the embedded .ins files but it should be  made clearer to a more lay person.	一般而言，对于使用限制和/或无序存在的每个CIF，应填写“_refine_special_details ?”字段。我能够从嵌入的.ins文件中解析作者在无序模型中所做的事情，但应该让更外行的人更清楚。

上述审稿意见主要是在CIF[3]中将使用的限制、无序处理等情况在“_refine_special_details”中进行说明，这样，读者就可以在“_refine_special_details”中看到该结构数据的相关处理。

在Olex2中可以将写好的内容粘贴在Work>>Report>>Diffraction下的Refine SpecialDetails中，如图1所示。

▲图1 Olex2中填写精修特殊细节的位置

在Olex2中填好后，精修即可将内容写入CIF文件，如图2所示。

▲图2 化合物7中_refine_special_details内容

审稿意见	大意
2) A couple of fields  seem blank after re-refinements: “_atom_sites_solution_primary ?”,  “_atom_sites_solution_secondary ?”. Please add for completeness, add check  the uncertainties quoted for the temperatures used, as some are missing after  re-refining	一些字段在重新精修后看起来是空白的：“_atom_sites_solution_primary ?”,  “_atom_sites_solution_secondary ?”，请添加以使其完整，还有请检查温度的不确定度，有些在重新精修后缺失。

上述审稿意见主要让填写原子位置解析方法以及温度的不确定度，这两在之前已经做过视频和推文，请参阅：

推文：

审稿意见-原子位置解析方法填写

审稿意见-温度的标准偏差

视频：

审稿意见-原子位置解析方法填写：https://www.bilibili.com/video/BV11B421k74k

审稿意见-温度的标准偏差：https://www.bilibili.com/video/BV16p421Z7GQ

审稿意见	大意
3) When using the RIGU  restraints the authors have often increased the default uncertainty (default  is 0.004 0.004), which decreases the effectiveness of the restraint. By  re-refining with the default value it was possible in a couple of cases to  reduce the overall number of restraints as further SIMU/ISOR restraints were  then not needed.	当使用RIGU限制时，作者通常会增大默认不确定度（默认值为0.004 0.004），从而降低限制的有效性。通过使用默认值重新精修，在一些情况下可以减少限制的总数，因为那时不需要进一步的SIMU/ISOR限制。

该审稿意见主要讲的是RIGU限制指令的使用，该指令的默认不确定度是0.0040.004，但很多人在写该指令时可能习惯性将其不确定度写为更大的0.010.02这种，这就导致RIGU的限制效果大大降低，于是要配合使用额外的SIMU或者ISOR限制从而增大了限制的数量，所以在使用RIGU指令时，应使用其默认不确定度或者更小的不确定度。

审稿意见	大意
4) Particular to 2, the  EADP should rarely be used except where the atom positions are also fixed  with EXYZ. E.g here the two tin atoms are restrained with EADP, but it would  be better to use SIMU if needed in these cases as with EADP both ellipsoids  are exactly the same and “point” in the same direction which doesn’t  necessarily make chemical sense.	特别是对于2，EADP应该很少使用，除非原子位置也用EXYZ固定。例如，在这里，两个锡原子被EADP限制，但如果需要，在这些情况下最好使用SIMU，因为使用EADP，两者椭圆完全相同，并且“指向”相同的方向，这不一定具有化学意义。

该审稿意见主要讲的是EADP指令的使用，该指令通常和EXYZ指令一起用于共占据无序，除非有充分理由，否则很少单独使用EADP指令，在之前已经做过视频和推文，请参阅：

推文：

晶体数据审稿意见-切勿随意使用EADP限制

视频：

晶体数据审稿意见-切勿随意使用EADP限制：https://www.bilibili.com/video/BV1YD421j7YL

审稿意见	大意
5) For 4, an example of  RIGU/SIMU, applying the default RIGU esds leads to a stable and sensible  refinement without the need for additional SIMUs that the authors applied.	对于化合物4，一个RIGU/SIMU的例子，应用默认不确定度的RIGU可以产生稳定和有意义的精修，而不需要作者额外应用的SIMU指令。

该审稿意见和上述第3条审稿意见相同。

审稿意见	大意
6) For 6, a general  point on ISOR, for disordered lattice solvent refining as isotropic is fine  if the data is not there to fully refine anisotropically. Refining  isotropically is preferable to using ISOR as it helps increase your  data/parameter ratio, which can be an issue in heavily disordered structures  where your parameters are higher than they would otherwise would be.	对于化合物6，一般而言，对于无序的晶格溶剂，如果数据不能支持完整各向异性精修，则采用各向同性精修是好的。相比于使用ISOR，首选各向同性精修，因为这可以帮助提高数据参数比，这在严重无序的结构中可能是一个问题，因为参数比其他方面高。

该审稿意见主要讲的是对于无序溶剂的处理，无序溶剂其实可以采用各向同性精修，不是非得各向异性精修的，这个就根据数据情况以及审稿意见来执行了。

审稿意见

大意

7) For 7, the modelling  of the toluene over three positions is not trivial, so well done to the  authors for getting a sensible refinement. That said, each phenyl ring is  constrained with AFIX 66; this should be avoided where possible, but noted in  the _refine_special_details if needed. Some tweaks to the disorder model that  I recommend: The toluene at C74-C80 on the inversion centre should have its  occupancy fixed to 0.5, the Part -1 instruction used will generate the second  molecule (currently its modelled on a free variable, with total occupancy  <1). Similarly the toluene at C67 is over two orientations but total  occupancy is <1. Tweaking the free variables to give total of 1 (converges  to 0.69:0.31) seems sensible and gives good agreement. For C74-C80 refining  isotropically is fine, see points above in ISOR. The other toluene’s seem  fine with default RIGU and the SIMUs used so can be refined anisotropcially.

对于化合物7，三组分甲苯建模并非不重要，因此作者处理的很好，可以得到合理的精修。每个苯环被AFIX 66约束，应尽可能避免这种情况，但如果需要，请在_refine_special_details中注明。我建议对无序模型进行一些调整：反演中心处的甲苯C74-C80应将其占有率固定为0.5，使用的part -1指令将生成第二个分子（目前其以自由变量为模型，总占有率小于1）。类似地，C67的甲苯在两个方向上，但总占有率小于1。将自由变量调整为总数为1（收敛到0.69:0.31）似乎是明智的，并且给出了很好的一致性。对于C74-C80，各向同性精修是可以的，请参阅ISOR中的上述要点。其他甲苯似乎与默认的RIGU和使用的SIMU很好，因此可以进行各向异性精修。

该审稿意见主要讲了审稿人对结构中无序甲苯分子的建模及其处理的看法和建议，按照审稿人建议进行修改即可。

审稿意见	大意
8) After the above  changes ensure and bond lengths/angles discussed and the table of data in the  SI matched the new refinement data; I have not checked this closely in this  draft due to anticipated further changes.	在上述变化之后，确保所讨论的键长/键角以及支持信息中的数据表与新的精修数据相匹配；由于预计会有进一步的变化，我没有在这份草案中仔细检查这一点。

该审稿意见主要讲的是，当按照审稿意见对晶体数据进行了修改后，需要更新论文中相应的数据，如键长键角等信息，否则只修改晶体数据而不修改论文中相应数据，则会造成最终发表结果晶体数据和论文数据不一致的情况。

相关视频：

关于Up修的晶体数据在Nat Chem发表这件事(审稿意见)：https://www.bilibili.com/video/BV15z421z7vz

参考文献

[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.    [2] (a)  Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,  University of Göttingen, Germany, 2019. (b)  Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.  Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure  Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle,  C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors  for SHELXL – model, implementation and  application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. DOI:  10.1107/S2053273318013840.    [3] (a) Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D. The  Crystallographic Information File (CIF): a New Standard Archive File for  Crystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. DOI:  10.1107/S010876739101067X.  (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Format for Electronic Data Transfer and  Archiving. J. Chem. Inf. Comput. Sci.  1991, 31, 326–333. DOI: 10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The  STAR File: Detailed Specifications. J.  Chem. Inf. Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:  10.1021/ci00019a005.

声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。

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