SHELXL和Olex2加氢-端烯碳如何加氢

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SHELXL和Olex2加氢-端烯碳如何加氢

文本所用软件/程序

GUI: Olex2[1]    Structure refinement: SHELXL[2]

最近，有友友提到如图1所示问题。

▲图1 问题描述

1.    通用方法-SHELXL指令HFIX

端烯碳上两个氢原子的HFIX代码为93（参阅推文“SHELXL指令之HFIX”和“SHELXL指令之AFIX”），因此在ins文件中添加指令“HFIX 93 atomnames”，然后精修即可，如图2所示。

▲图2 SHELXL指令HFIX 93添加端烯碳氢原子

2.    Olex2指令-HADD

SHELXL指令HFIX的代码同样适用于Olex2指令HADD，因此在Olex2中可以选中原子后，输入“hadd 93”（hadd大小写均可）并回车，然后精修即可，如图3所示。

▲图3 SHELXL指令HADD 93添加端烯碳氢原子

3.    Olex2 GUI

在Olex2菜单栏Mode>>HFIX中点击“93 (2 Hydrogensp2)”或者在Tools>>HydrogenAtoms中点击AFIX 93按钮，如图4所示，然后再点击要添加氢原子的碳原子即可。

▲图4 Olex2 GUI中添加端烯碳氢原子的选项

视频操作演示请参阅：

SHELXL和Olex2加氢-端烯碳如何加氢：https://www.bilibili.com/video/BV1RT421k7oS

参考文献

[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.    [2] (a)  Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,  University of Göttingen, Germany, 2019. (b)  Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.  Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure  Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle,  C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors  for SHELXL – model, implementation and  application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. DOI:  10.1107/S2053273318013840.

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