无序示例-氯溴共占据无序(审稿意见)

DJ_Tokyo

相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); SHELXL[2] (Version: SHELXL-2019/3); PLATON[3] (Version: 60124)

最近，郑州某高校友友求助处理晶体数据，其Cl原子处差值电子密度图显示应该是比Cl更大的原子，如图1所示。

▲图1 氯处差值电子密度

查看其原料，发现金属来源为金属氯化物，而配体则为有机溴化铵盐，因此考虑产物中金属上的氯可能会发生卤素交换反应变成溴，于是将该氯改为溴，结果如图2所示。

▲图2 溴处差值电子密度

这表明卤素交换并不完全，应当是部分溴取代了氯，因此将氯和溴按共占据无序处理，精修至收敛后，Br和Cl占比约为21%和79%，如图3所示。

▲图3 氯溴共占据无序处理结果

上述无序代表如图4所示结构及其占比。

▲图4 无序所代表的化学意义

最近，苏州某高校友友遇到类似审稿意见，

AtomBr1 has been over-assigned, and disorder similar to that mentioned above existshere also. For the Br, I suggest that this can be best explained by a Br/Cldisorder in the ratio of 86/14. The final R1 of this structure will be around3.62% (currently 4.41%).

并附上了差值电子密度图，如图5所示。

▲图5 溴处差值电子密度

然而该友友表示应该没有氯，笔者也只能建议检查是否受到污染，否则需要重新培养晶体重新测试了。

▲图6 问题交流

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[3] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

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