Olex2-不填好过瞎填

DJ_Tokyo

Olex2-不填好过瞎填

如图1所示，Olex2[1]中Work选项卡下Report展开栏有一个Crystal，其下有一个Systematic Name。

▲图1 Work>>Report>>Crystal>>Systematic Name

最近遇到一些小伙伴委托笔者帮忙处理的数据，有些人在Systematic Name填了“CCD”（charge-coupleddevice，电荷耦合器件——单晶仪探测器类型），如图2所示。

▲图2 Systematic Name处错误填写的探测器类型缩写

还有些人则填了晶系，如图3所示。

▲图3 Systematic Name处错误填写的晶系名称

从上述两个案例能知道，在Olex2中“Work>>Report>>Crystal>>SystematicName”填写的内容被写入到CIF[2]文件的“_chemical_name_systematic”条目，该条目含义如下（摘自“4.1. Core dictionary (coreCIF)”参阅推文“CIF核心词典-CHEMICAL”）：

_chemical_name_systematic	(char)
IUPAC  or Chemical Abstracts full name of  the compound.		化合物的IUPAC或化学文摘全名。
Example:  ‘1-bromoestra-1,3,5(10)-triene-3,17\b-diol’.		示例：‘1-bromoestra-1,3,5(10)-triene-3,17\b-diol’.
[chemical]		[chemical]

所以说Olex2中“Work>>Report>>Crystal”下的Systematic Name指的是化合物的系统命名，即使用系统命名有机化合物的方法（IUPAC命名法，IUPAC = International Union of Pure and AppliedChemistry = 国际纯粹与应用化**合会）得到的化合物名称，不是什么探测器的类型或者晶系。

如果不知道Olex2中可填写项目的含义，可以随便填个字符串，然后在CIF中找到对应条目，然后查阅CIF词典（https://www.iucr.org/resources/cif/dictionaries或推文“CIF核心词典(目录+链接)”），否则的话就空着不填，总比瞎填要好。

CIF词典也可以在CheckCIF[3]主页底部点击“CIF dictionary”超链接进行查看，如图4所示。

▲图4 CheckCIF主页底部的“CIFdictionary”超链接

视频讲解请参阅：

Olex2-不填好过瞎填：https://www.bilibili.com/video/BV1UeTwzpEcf

参考文献

[1]    Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[2]    (a)Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File(CIF): A New Standard Archive File for Crystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

[3]    (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.

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