晶体数据审稿意见-氢原子处理方式描述

DJ_Tokyo

晶体数据审稿意见-氢原子处理方式描述

最近，山东某高校有友友遇到如图1所示审稿意见。

▲图1 问题描述

这位友友在他的论文中晶体结构解析和精修部分对于结构中氢原子的处理写了这么一句话“allhydrogen atoms except for those of the disordered solvent molecules were placedusing AFIX instructions”（除了无序溶剂外，所有氢原子均使用AFIX指令放置），这句话表明（晶体结构一般由主体结构和客体结构（通常是溶剂）构成）：主体结构上的氢原子采用理论加氢（通常表达为“Hydrogen atomswere placed at the calculated positions and were refined as riding model.”），而客体结构——他这里是无序溶剂的氢原子则是另外一种方式添加，根据笔者有限的知识，也就是傅里叶合成——像非氢原子一样通过指认Q峰（通常表达为“Hydrogen atoms were located bydifference Fourier syntheses.”），但是审稿人查看其提交的CIF文件发现，CIF中_refine_ls_hydrogen_treatment代码为constr，如图2所示（此处以Olex2内置数据Sucrose为例），这很显然和该友友声称的“allhydrogen atoms except for those of the disordered solvent molecules were placedusing AFIX instructions”不相符。

▲图2 氢原子处理方式条目代码

constr代码表明结构中所有氢原子都是受约束的（https://www.iucr.org/__data/iucr/cifdic_html/1/cif_core.dic/Irefine_ls_hydrogen_treatment.html），也就是都是通过理论加氢得到的，所以对于上述审稿意见，需要做的就是将论文中对于氢原子的处理方式的描述按照实际情况进行修改。

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