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Olex2中的一些基本操作 1. 精修基本操作(Refine) 执行程序与方法设置：如下图所示，在Work窗口下展开Refine栏，在Program下拉菜单设置精修执行程序，对于一般结构选择ShelXL即可，方法选择Least Squares(最小二乘法)，其后的Cycles中设置精修轮数，Peaks设置显示的残余电子峰(即Q峰)数目： 执行精修：精修执行程序、方法、精修轮数和Q峰数目设置好之后 A：按下Refine按钮(下图红色方框)执行精修 B：快捷组合键“Ctrl+R”执行精修 C：使用指令进行精修 指令格式：refineC P (C代表精修轮数；P代表Q峰数目) 例如指令“refine4 10”代表精修4轮，显示10个Q峰 2. 权重(Weighting Scheme) 在Work窗口下展开Refine栏，在Weight一行后有一个方框和两个数字，点击该数字可以刷新权重，这个需要每次精修前进行点击，如果将该方框勾上(点击即可)则每次精修时程序会自动调整权重： 当然了，权重也可以自己进行手动调整： A：点击GUI面板上的铅笔图标(如下图上红色方框所示)，在弹出Edit对话框中WGHT一行手动调整： B：在命令输入区键入指令“edit ins”并回车，在弹出ins文件中WGHT一行手动调整： 上述两个方法手动调整后，保存精修即可。 3. 识别与删除坏点(Bad Reflection) 在GUI面板中，点击R1后面的“%”图标，在弹出的Fobs vs Fcalc散点图中可以看到这些衍射点基本上在一条直线上，如果有某些点严重偏离这条直线，那么可以点击这些偏离严重的衍射点将其删除(omit)，Olex2会自动在ins中添加omit指令： 在Info窗口中展开Bad Reflections一栏，可以设置Error/esd阈值并点击OMIT按钮删除Error/esd大于该阈值的所有坏点，也可以逐个点击omit按钮删除想要删除的坏点，若要去除所有的OMIT指令，只需点击ClearOMITs按钮即可： 4. 历史记录(History) Olex2中的历史记录在Work窗口下，展开History后如下图所示，可以看到有许多不同颜色的柱子，每根柱子代表一次精修结果，第一根紫色的柱子代表的是初始结构解析结果，点击任意一根柱子可以回到该次精修结果，其下的Scale可以调节柱高，再往下是History Tree，这里记录了更多的历史记录，包括不同的解析结果： 5. 几何性质——质心与平面 本节内容介绍质心及平面的获得，以及一些距离与角度的计算，这部分内容在以前的推文《Olex2中的点线面》中已有介绍，具体内容可以查看该推文。 本次介绍一个指令，即“chemdraw”，在用Olex2作图时可能会用到，威斯康星大学麦迪逊分校(Universityof Wisconsin-Madison)化学系(ChemistryDepartment)的Ilia A.Guzei编写的《Noteson OLEX2》中关于该指令的描述如下： 不过上面说的转动鼠标或“undo”与“fuse”指令均无法删除该环，可以使用“default”指令回到默认设置。 例如对Olex2中样本结构water使用“chemdraw”指令后，芳香环中添加了一个圆圈，其中的双键变成两根线： 选中该圆圈，单击鼠标右键，在弹出的对话框中Graphics展开栏中点击Primitives，在弹出的Primitives对话框中有四个选项，其单独效果如下图所示，作图时可以根据自己需要进行设置： 6. 标签(Label) 在Work窗口下展开Draw一栏，可以看到其设置选项，Label后面的selected按钮可以显示所选择的原子或键的标签，键的标签即为键长，non-H按钮显示所有非氢原子的标签，hetero按钮显示除碳以外所有原子的标签，作图时可以根据需要进行设置。 显示标签后，如需移动标签，可以按下Shift键不放，把鼠标移动到想要移动的标签上，按下鼠标左键并拖动鼠标将该标签移动到合适位置即可。 7. 统计数据(statistics) Olex2中的统计数据主要在Info窗口中，例如RefinementIndicators一栏，列出了常见常用的一些参数，这些数据经常统计入晶体学报表中： 在ReflectionStatistics一栏中有所有散点图的列表，例如第3节中的Fobs vs Fcalc散点图即为如下图所示的Fobs-Fcalc： 最后一个是ReflectionStatistics Summary中也列出了一些有用的参数： 通过上述各项统计数据可以评估该数据的质量好坏。 如需PDF文档，请从以下链接下载： 通过网盘分享的文件：Olex2中的一些基本操作.pdf
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