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[Shelx/Olex2] Olex2中成键条件

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Olex2中成键条件
Olex2[1]中有关原子间成键条件的内容可参阅推文“Olex2官网内容中英文对照”中“原子连通性”内容或推文“OLEX2注释(目录+链接)”中conn指令内容。
简述如下:
每个原子有一个**义(非自定义)的键合半径r,当两个原子(如原子AB)之间的距离d满足“d < rA+ rB + delta”时,程序认为这两个原子之间存在键,计算这些键时不考虑角度。
选中原子后输入“info”并回车,可以查看该原子的键合半径。
选中原子后输入“delta”并回车,可以查看该原子所用delta值。
选中原子后输入“delta n”并回车,可将其delta更新为n
除了上述条件之外,每个原子还受最大成键数目约束,最大成键数目默认值为12(可通过conn指令设置)。
Olex2中内置数据Co110[2]CCDC[3] 196311)为例,如1所示,通过“delta”和“info”等指令可知N22的键合半径为0.7 Å(氮的共价半径为0.71 Å[4]),Co1的键合半径为1.25 Å(钴的低自旋共价半径为1.26 Å[4]),delta0.5 ÅCo1N22之间的距离为2.040 Å < 2.45 Å = (0.7 + 1.25 + 0.5) Å,所以Co1N22之间有键。
1 Co110结构
视频讲解请参阅:
Olex2中成键条件:https://www.bilibili.com/video/BV1DJkhYUEnP
参考文献
[1]    Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.
[2]    Congreve,A.; Kataky, R.; Knell, M.; Parker, D.; Puschmann, H.; Senanayake, K.; Wylie, L.Examination of Cobalt, Nickel, Copper and Zinc(ii) Complex Geometry and BindingAffinity in Aqueous Media Using Simple Pyridylsulfonamide Ligands. New J. Chem. 2003, 27, 98–106. DOI: 10.1039/B206279H.
[3]    (a)Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million CrystalStructures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI:10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.
[4]    Cordero,B.; Gómez, V.; Platero-Prats, A. E.; Revés, M.; Echeverría, J.; Cremades, E.;Barragán, F.; Alvarez, S. Covalent Radii Resivited. Dalton Trans. 2008, 2832‒2838.DOI: 10.1039/b801115j.
声明:本文仅代表个人观点,笔者学识有限,资料整理过程中可能存在疏漏错误,请不吝指正。
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