Olex2提示已有作用于所有非氢原子的SIMU指令

DJ_Tokyo

Olex2提示已有作用于所有非氢原子的SIMU指令

最近，小木虫上有一个帖子（https://muchong.com/t-16304752-1）提问如图1所示问题。

▲图1 问题描述

在结构精修中，有时候会用到SHELXL[1]指令SIMU（参阅推文“SHELXL指令之SIMU”）来限制某些原子的原子位移参数ADP（atomic displacement parameter）使其相似，这种限制通常作用于结构中的部分原子，但如果在过程中添加了作用范围覆盖所有非氢原子的SIMU指令时，Olex2[2]就会给出上图提示“There isa restraint for all non-H atoms, removing any others for SIMU list”（已存在作用于所有非氢原子的限制，移除SIMU列表其他指令），以下以Olex2自带数据sucrose[3]为例来说明这个问题。

如图2所示，ins文件中有两条SIMU指令“SIMU 0.01 0.02 2 C3 O14”和“SIMU 0.01 0.02 2 C6 O17 O18”分别对C3、O14和C6、O17、O18进行限制。

▲图2 两条SIMU限制指令（作用于部分原子）

此时，如果在Olex2左下角在未选择任何原子的情况下输入“SIMU 0.01 0.02”并回车，则会出现“There is a restraint for all non-H atoms,removing any others for SIMU list”，打开ins文件，会发现只剩下作用范围覆盖所有非氢原子的“SIMU 0.01 0.02 2”指令（未指定原子的SIMU指令将作用于所有非氢原子，参阅推文“SHELXL指令之SIMU”），而其他所有仅作用于部分原子的SIMU均被Olex2删除，如图3所示。

▲图3 作用于所有非氢原子的SIMU指令

通常不建议添加覆盖所有非氢原子的SIMU限制，因此可将上述指令删除，然后重新对具体的部分原子进行SIMU限制，或者使用历史记录功能回到之前的精修阶段继续精修。

视频讲解请参阅：

Olex2提示已有作用于所有非氢原子的SIMU指令：https://www.bilibili.com/video/BV14uUqYGEAU

参考文献

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[2]    Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R.J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2:A Complete Structure Solution, Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst.2009, 42, 339–341. DOI:10.1107/S0021889808042726.

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