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近日，处理一个数据，结构中存在和金属配位的水分子，如图1所示。 ▲图1 案例数据结构（O104–O36 = 2.970 Å，∠O104-H10B-O36 = 87.123°；O104–O55A = 2.815 Å，∠O104-H10A- O55A = 85.388°） 因为含有水分子，因此需要将氢键信息写入CIF中，考虑到有些氢键供受体距离大于HTAB指令的默认值（D···A小于等于2.9 Å，∠D–H···A大于等于120°），因此以给定参数的指令“htab3.2 100”寻找结构中符合条件“供受体原子之间距离（D···A）小于等于3.2 Å，氢键键角（D–H···A）大于等于100°”的氢键，结果出现了B级警报PLAT482，如图2所示。 ▲图2 B级警报PLAT482 当氢键的D–H···A角度太小时，会引起该警报，通常D–H···A角采用Jeffrdy标准，即D–H···A角大于100°，如图3所示。 ▲图3 PLAT482释义 虽然本案例所涉及的两个引起PLAT482警报的氢键，其D···A距离符合条件，但D–H···A角度是小于100°，实际上是不符合指令“htab 3.2 100”的条件的，但不知为何，该不合适的氢键被写入ins文件，如图4所示。 ▲图4 ins文件中的氢键指令HTAB 解决方案很简单，将这两条指令“HTABO104 O36”和“HTABO104 O55A”从ins文件中删除，然后精修重新生成CIF文件即可。 如需PDF文档，请从以下链接下载： 通过网盘分享的文件：CheckCIF-B级警报PLAT482的解决示例1.0.pdf
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发表于 2025-4-24 07:34:57
