CheckCIF-B级警报PLAT420案例1

DJ_Tokyo

相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); SHELXL[2] (Version: SHELXL-2019/3); PLATON[3] (Version: 60124)

最近，南京某高校友友的一个警惕数据遇到B级警报PLAT420（参阅推文“CheckCIF-PLAT420”），如图1所示。

▲图1 B级警报PLAT420

查看O8周围环境（参阅视频“Olex2基操-查看原子周围环境(B级警报PLAT417-氢原子距离过近)：https://www.bilibili.com/video/BV1ye411B7Kd”），如图2所示，金属上配位的水O8，其中H8A和O4i形成氢键，而O8周围能够作为H8B的氢键受体的最近的原子为O5ii，相距3.479 Å。

▲图2 配位水O8周围环境（对称操作码：i: 1-X,1-Y,1-Z; ii: +X,1-Y,-1/2+Z）

观察到O8椭球有点形变拉长，因此考虑对其做二组分无序处理，这样其中一个组分氧原子和O5ii的距离将会缩短，从而消除上述B级警报PLAT420，如图3所示。

▲图3 无序处理结果

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[3] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

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