Olex2基操-弯曲角(bending angle)的计算

DJ_Tokyo

最近见到文献“Z. Phys. Chem. 2017, 231, 1467-1487. DOI: 10.1515/zpch-2016-0786.”中有关弯曲角（bending angle）的定义，如图1所示。

▲图1 文献中弯曲角的定义

文本以Olex2[1]附带数据Co110为例，如图2所示，演示计算弯曲角的操作。

▲图2 Co110结构

首先，创建N21和N22的中点，选中N21和N22，然后输入指令“cent”（centroid的前四个字母），如图3所示。

▲图3 选择两个原子并输入cent

回车后，将在两个原子之间的中点产生一个假原子，如图4所示。

▲图4 创建的假原子（Cnt57和Cnt58）

随后就是弯曲角的计算，依次选中Cnt57、Co1和Cnt58，然后将鼠标悬停在其中一个原子上，即可查看该弯曲角（170.334°），如图5所示。

▲图5 鼠标悬停显示角度

依次选中Cnt57、Co1和Cnt58，然后输入“sel”并回车，则在背景处显示角度信息，如图6所示。

▲图6 sel指令显示的角度信息

如果要得到具有偏差的角度信息，则在依次选中Cnt57、Co1和Cnt58后输入“esd”并回车，则在背景处显示角度信息，如图7所示。

▲图7 esd指令显示的角度信息

视频操作演示请参阅：

Olex2基操-弯曲角(bending angle)的计算：https://www.bilibili.com/video/BV18m411U7jj

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

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