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[单晶XRD] 晶体测试案例125(孪晶)

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发表于 昨天 09:57 | 查看全部 |阅读模式
声明:本文仅代表个人观点,笔者学识有限,资料整理过程中难免存在疏漏谬误,请不吝指正。
晶体测试案例125(孪晶)
>>样品准备
最近,同单位某课题组同学委托笔者帮忙测试一个含CH元素的非手性有机化合物晶体,该晶体在样品瓶中挥发结晶,如1左所示,从中捞出部分晶体置于载玻片上用二甲基硅油(PDMS, polydimethylsiloxane/Dimethicone, CAS: 9006-65-9)包裹并在显微镜下观察,如1右所示,用粉刺针切割、清洗并扒拉出合适的晶体(红色箭头所指)进行测试。
1 待测晶体
>>晶体尺寸测量
晶体尺寸经测量为0.280 × 0.533× 0.805 mm3,如2‒4所示(由APEX6 [1]呈现),最大尺寸是其他尺寸的两倍以上,可描述为针状(needle)晶体参阅视频“晶体尺寸和晶癖描述需保持一致:https://www.bilibili.com/video/BV1yb421B72r”。
2 晶体尺寸测量
3 晶体尺寸测量
4 晶体尺寸测量
在晶体对心时,可顺便拍摄晶体照片(参阅推文“D8 Venture衍射仪拍摄晶体照片”)保存,可作为论文插图,如5所示。
5 仪器拍摄的晶体照片
>>预实验
点击Collect下的Run Experiment,然后在右侧界面第一行选择辐射光源,在第二行第一列下拉菜单中选择Fast Scan,设置好Fast Scan参数(曝光时间2.000秒,步长1.000°)后,点击右下角Validate验证操作有效性,完成后点击右下角Execute执行即可,如6所示。
6 设置Fast Scan实验
衍射图如7所示,因为步长为1.000°,故而得到360°/2.000° = 180帧衍射图,其中162帧过曝,占比约90%,其衍射图如8所示,利用这180帧衍射图进行数据还原解析,结果如9所示(由Olex2[2]呈现),确定其三斜晶系第2号空间群Pī(中心空间群),最大晶轴约24 Å,且为孪晶。
7 预实验测试情况
8 预实验衍射图
9 预实验结果
预实验已知最大晶轴约为24 Å,为避免出现B级警报PLAT910(参阅推文“CheckCIF-PLAT910”),将探测器与晶体之间的距离由默认的40.00 mm增大为60.0 mm(参阅推文“CheckCIF-B级警报PLAT910解决示例”“晶体测试案例20(B级警报PLAT910)”),分辨率选择Standard 0.75Å,非手性化合物,Triclinic P晶格,对称性选择-1,计算得到的策略为7轮数据,其中前2轮为fastscan(第2fastscan添加了衰减),曝光时间为1秒,步长为1.00°,其他5轮曝光时间为1.0秒,步长为0.50°,预计总时长为27分钟,如10所示。
10 初始数据收集策略
如下调整:将fastscan曝光时间改为2秒,其他5轮数据曝光时间改为3秒,步长改为2.00°,总时长变为22分钟,如11所示。
11 调整后数据收集策略
实际测试耗费近28分钟(比预计的多了6分钟),如12所示,共收集490帧衍射图,其中302帧过曝,占比约62%,总大小为758 MB
12 实际测试情况
其衍射图如13–15所示。
13 衍射图(run 1, Fast Scan, 2秒曝光,无衰减)
14 衍射图(run 2, Fast Scan, 2秒曝光,衰减)
15 衍射图(run 3, Omega Scan, 3秒曝光)
测完后,进行孪晶拆分(剔除前2Fast Scan数据),如16–18所示。
16 倒易空间点阵A轴方向
17 倒易空间点阵B轴方向
18 倒易空间点阵C轴方向
数据最终结果如19所示,无AB级警报。
19 最终结果
参考文献
[1]    Bruker (2024). APEX6 (Version 2025.6-0). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.
[2]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

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