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★声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中难免存在疏漏谬误，请不吝指正。 Diamond绘图-文献案例2 最近，B站有小伙伴留言如图1所示问题，并给出其来源论文“Angew. Chem. Int. Ed. 2025, 64, e202506748. DOI [1]: 10.1002/anie.202506748.”。 ▲图1 问题描述 >>数据下载 在论文主页（https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.202506748）Supporting Information下点击“anie202506748-sup-0002-SuppMat.zip”下载压缩包，如图2所示。 ▲图2 晶体数据附件下载链接 下载后解压该压缩包即可得到该论文中晶体结构的CIF [2]文件，如图3所示。 ▲图3 下载的CIF文件 也可以从以下链接下载： 提取码: c65t >>绘图步骤 如图4所示，从论文图例可知“g)”为“α-(BuPh3P)2Cu2I4”结构。 ▲图4 确定结构 因此用Diamond [3]打开Alpha-(BuPh3P)2Cu2I4-296K.cif文件，如图5所示。 ▲图5 Diamond打开Alpha-(BuPh3P)2Cu2I4-296K.cif文件 点击界面底部的添加晶胞框（AddUnit Cell Edges）按钮，如图6所示，或者按快捷组合键Shift+Ctrl+E。 ▲图6 添加晶胞框 也可以从顶部菜单Build下拉菜单中点击Add Cell Edges，并在弹出的Add Cell Edges对话框中设置相应参数后点击OK按钮来显示晶胞框，如图7所示。 ▲图7 Build>>Add Cell Edges 添加晶胞框后效果如图8所示。 ▲图8 添加晶胞框的结果 点击界面底部的填充晶胞图标，如图9红色箭头所指，或者按快捷组合键Shift+Ctrl+U。 ▲图9 填充晶胞 或者在顶部菜单Build下拉菜单中Fill展开菜单中选择第一个Unit Cell来填充晶胞，如图10所示。 ▲图10 Build>>Fill>>Unit Cell 填充晶胞后效果如图11所示。 ▲图11 填充晶胞的结果 点击界面底部的直接连接原子（ConnectAtoms Directly）按钮添加键，如图12所示，或者按快捷组合键Shift+Ctrl+N。 ▲图12 连接原子 连接后效果如图13所示。 ▲图13 连接原子的结果 点击界面底部的直接填充配位球（FillCoordination Spheres Directly）进行结构生长，如图14所示，或者按快捷组合键Shift+Ctrl+S，多按几次，直至得到完整Cu2I4单元。 ▲图14 结构生长 得到的完整Cu2I4单元如图15所示。 ▲图15 获得完整Cu2I4单元 在Table ofatom groups中选择P、C和H原子（除Cu和I之外的原子），如图16所示，随后将其删除。 ▲图16 选择并删除P、C和H原子 删除P、C和H原子后效果如图17所示。 ▲图17 仅保留Cu2I4单元的结果 在顶部菜单Picture下拉菜单中点击Viewing Direction（视图方向），在弹出的Viewing Direction点击View along axis下的c，从而将视图方向设为沿c轴方向，如图18所示。 ▲图18 设置视图方向 如图19所示，点击界面底部的沿Z轴旋转图标（Rotate along z-axis）按钮。 ▲图19 沿Z轴旋转 随后按住Shift键不放，并按PageDown按钮（按90/5 = 18次），直至旋转90°，如图20所示（与文献中视角相同）。 ▲图20 视角调整 删除Cu–Cu键，结果如图21所示（注：左右两边的Cu2I2单元均为两个重叠，需删去重叠的单元）。 ▲图21 删除Cu–Cu键 选择Cu2I2单元的铜和桥联碘原子，然后点击顶部菜单Structure下拉菜单中的Insert Atom，如图22所示。 ▲图22 Structure>>Insert Atom 弹出InsertAtom对话框后，点击OK按钮，插入质心，如图23所示。 ▲图23 插入质心 然后点击顶部菜单Build下拉菜单中的Insert Bonds进入插入键模式，依次点击两个质心在所点质心之间插入键，如图24所示。 ▲图24 在质心间插入键 将Cu–I键设置为双色，质心之间的键设置为第三种颜色，并设置为虚线，将质心设置为同色同半径，效果如图25所示。 ▲图25 键型设置 例如选择水平的质心键，在右侧Properties窗口中显示其长度（质心间距）为17.3859(6) Å（即论文中图示的17.39），如图26所示。 ▲图26 查看质心间距 Diamond中无法标签无法识别显示Å，所以长度数值还是需要借助其他软件（如PS或PPT）添加。 相关视频： Diamond绘图-文献案例2：https://www.bilibili.com/video/BV1rrr2BKE2S 论文PDF和CIF文件请从以下链接下载： 提取码: p8d6 参考文献 [1] (a)International Organization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – DigitalObject Identifier System.http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System.https://www.iso.org/standard/81599.html [2] (a)Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File(CIF): A New Standard Archive File for Crystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005. [3] Brandenburg,K.; Putz, H. DIAMOND – Visual Crystal Structure Information System.Ver. 4.6.1; Crystal Impact: Bonn, Germany, 2019.
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发表于 2026-1-27 08:17:28
