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★声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。 晶体结构不是预期结构案例21 案例61： 本来是按照如图61所示反应式（由ChemBioDraw [1]绘制），利用某二醛和某二胺在硼氢化钠（NaBH4, Sodiumborohydride, CAS: 16940-66-2）作用下还原胺化形成一个分子笼并将全氟辛酸（PFOA,2,2,3,3,4,4,5,5,6,6,7,7,8,8,8-pentadecafluorooctanoic acid, CAS: 335-67-1）捕获在该分子笼中形成主客体复合物，但得到的晶体经单晶X射线衍射实验得到数据经结构解析发现实际结构是全氟辛酸钠（sodium 2,2,3,3,4,4,5,5,6,6,7,7,8,8,8-pentadecafluorooctanoate,CAS: 335-95-5）。
▲图61 案例61反应示意图 相关视频： 单晶结构解析练习721(非预期结构)：https://www.bilibili.com/video/BV11YrABQELm 案例62： 最近，同单位某课题组找笔者测试一个含CHOSi元素的手性纯有机物晶体，其结构如图62预期结构所示（为保密，其他基团用R1、R2和R3表示），测完后，结构解析发现该晶体实际结构为3,5-二溴苄醇（3,5-dibromobenzylalcohol, CAS: 145691-59-4），也就是说，含硅的那部分结构没上去，或者上去后发生了水解，总之不是预期结构。
▲图62 案例62反应示意图 相关视频： 单晶结构解析练习723(数据还原-非预期结构-氢键)：https://www.bilibili.com/video/BV1mbrABsEHv 案例63： 这是某位小伙伴找笔者帮忙解析结构，预期是化合物A和B的共晶结构，但结构解析后发现是与化合物A和B毫不相干的酮类化合物C，即二亚苄叉丙酮（DBA, Dibenzylideneacetone, CAS: 538-58-9）,如图63所示，可能是培养晶体过程中样品被污染。
▲图63 案例63反应示意图 相关视频： 单晶结构解析练习725(数据还原-非预期结构-无序处理)：https://www.bilibili.com/video/BV1KVrmB5Ejj 参考文献 [1] (a)Klein, F. M. CS ChemDraw Pro,1 Version 3.1 for Windows. J. Chem. Inf. Comput.Sci. 1995, 35, 166–167. DOI: 10.1021/ci00023a026. (b)Cousins, K. R. ChemDraw 6.0 Ultra CambridgeSoft Corporation, 100 Cambridge ParkDrive, Cambridge, MA 02140. http://www.camsoft.com. Commercial Price: $1395.Academic Price: $699. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10257–10258. DOI: 10.1021/ja0047572.(c) Buntrock, R. E. ChemOffice Ultra 7.0. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 1505–1506. DOI: 10.1021/ci025575p. (d) Li, Z.; Wan, H.; Shi, Y.;Ouyang, P. Personal Experience with Four Kinds of Chemical Structure DrawingSoftware: Review on ChemDraw, ChemWindow, ISIS/Draw, and ChemSketch. J. Chem.Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 1886–1890. DOI: 10.1021/ci049794h.(e) Mendelsohn, L. D. ChemDraw8 Ultra, Windows and Macintosh Versions. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 2225–2226. DOI: 10.1021/ci040123t. (f) Cousins, K. R. ChemDrawUltra 9.0. CambridgeSoft, 100 CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. See Web site for pricing options. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4115–4116. DOI:10.1021/ja0410237. (g) Zielesny, A. Chemistry Software PackageChemOffice Ultra 2005. J. Chem. Inf.Model. 2005, 45, 1474–1477. DOI:10.1021/ci050273j. (h) Mills, N. ChemDraw Ultra 10.0 CambridgeSoft, 100CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. CommercialPrice: $1910 for download, $2150 for CD-ROM; Academic Price: $710 fordownload, $800 for CD-ROM. J. Am. Chem.Soc. 2006, 128, 13649–13650. DOI: 10.1021/ja0697875. (i) Kerwin, S. M.ChemBioOffice Ultra 2010 Suite. J. Am. Chem.Soc. 2010, 132, 2466–2467. DOI: 10.1021/ja1005306. (j) Milne, G. W. A. SoftwareReview of ChemBioDraw 12.0. J. Chem. Inf.Model. 2010, 50, 2053. DOI:10.1021/ci100385n. (k) Narayanaswamy, V. K.; Rissdörfer, M.; Odhav, B.Review on CambridgeSoft ChemBioDraw Ultra 13.0v. Int. J. Theor. Appl. Sci. 2013,5, 43–49.
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发表于 2026-1-25 07:29:26
