Diamond绘图-文献案例1

DJ_Tokyo

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Diamond绘图-文献案例1

ê问题来源ê

如图1所示，最近，小红书上有小伙伴询问文献中更小结构部分的结构图（Fig. 2中的(a)–(d)，Fig.1中的(a)是完整结构）是否通过Olex2 [1]绘制，不过看其风格，应该是Diamond [2]绘制。

▲图1 问题描述

ê案例来源ê

案例来源：CCDC [3]: 2417373. DOI [4]: 10.5517/ccdc.csd.cc2m4gs1.Inorg. Chem. Front. 2025, 12, 4606–4612. DOI: 10.1039/d5qi00735f.

ê绘制步骤ê

从图中来看，(d)片段最大，因此可以从(d)至(a)依次绘制，得到各个片段图片后，在PPT中排列组合，并添加箭头和辅助线等完成最终效果图。

用Diamond打开2417373.cif文件，如图2所示。

▲图2 Diamond打开2417373.cif文件

论文中(d)图只有金属（Cu）、硫（S）、磷（P）和桥联金属的氢（H）原子，没有其他原子（碳原子及其上所连氢原子、氧原子、硼原子和氟原子），因此需要将其他原子从画布中删除，在界面右侧窗口Data sheet下拉菜单中选择Table of Atom Groups，如图3所示。

▲图3 Data sheet>>Table of Atom Groups

按住Ctrl键不放，用鼠标左键单击O、C、F和B所在列进行选择，然后单击鼠标右键，在弹出的菜单中点击Select Atoms By Group，如图4所示。

▲图4 选择原子

选中后，画布中被矩形框标记的原子都是被选中的，如图5所示。

▲图5 选中的原子

按下Delete键，被选中的原子均被删除，如图6所示。

▲图6 删除氧、碳、氟和硼原子

用鼠标左键选中主体结构中的任意一个原子，按Ctrl+M选中整个主体结构，然后按Ctrl+I进行反应，再按Delete键删除外围氢原子，结果如图7所示。

▲图7 (d)图主体框架绘制

然后设置原子和键的颜色，结果如图8所示，将其保存和导出即可。

▲图8 (d)图主体结构绘制

删除P和H之后，得到(c)图，如图9所示。

▲图9 (c)图主体结构绘制

删除Cu–S键以及上半部分Cu–Cu键，得到(b)图，如图10所示（不过粉色Cu和蓝色Cu在该视角下距离较近，应该是要画成2个图最后拼接一下）。

▲图10 (b)图主体结构绘制

最后，将得到的各个片段放在PPT中，如图11所示。

▲图11 片段排布

然后添加辅助线和文字，结果如图12所示。

▲图12 最终效果

相关视频：

Diamond绘图-文献案例1：https://www.bilibili.com/video/BV1YBBBBsEGe

论文PDF和CIF文件可从期刊主页下载，或者从以下链接下载：

链接:https://pan.baidu.com/s/1OZ5pCtmwh-YaRzB-BbTcYw?pwd=22r7

提取码: 22r7

参考文献

[1]    Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[2]    Brandenburg,K.; Putz, H. DIAMOND – Visual Crystal Structure Information System.Ver. 4.6.1; Crystal Impact: Bonn, Germany, 2019.

[3]    (a)Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million CrystalStructures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI: 10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.

[4]    (a)International Organization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – DigitalObject Identifier System.http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System.https://www.iso.org/standard/81599.html