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[Shelx/Olex2] SHELXS解析比SHELXT快案例1

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发表于 2026-1-5 08:55:35 | 查看全部 |阅读模式

  
SHELXS解析比SHELXT快案例1
  
文本所用软件/程序
GUI: Olex2[1]
  
Space group determination: XPREP[2]
  
Structure solution: SHELXS[3],  SHELXT[4]
  
Structure refinement: SHELXL[5]
案例来源:CCDC[6] 2382497, DOI[7]:10.5517/ccdc.csd.cc2kz5rh.
案例结构式如1所示。
1 案例结构
XPREP确定其空间群为第14号中心对称空间群P21/c,如2所示。
2 XPREP确定的空间群
Olex2Work>>SolveProgram中选择ShelXS作为解析程序,Method中选择Direct Methods[8]作为解析方法,随后点击Solve按钮进行结构解析,几乎是秒解(0.1秒,解析起止时间均为08:20:29),解析得到的Q峰可以直接看出结构框架,如3所示,只需对照1结构将框架中的Q峰指认为相应原子即可。
3 SHELXS直接法解析结果
而使用SHELXT进行解析,耗时14.801秒,解析结果为比P21/c空间群对称性更低的第7号非中心对称空间群Pc,非对称单元ASUasymmetry unit)中有两个分子,虽然程序指认了结构,但指认的结构残缺不全,如4所示。
4 SHELXT解析结果
SHELXT解析结果后续需要进行升空间群操作使空间群更正为P21/c,不论采用上述哪种解析方案,最终解析精修结果如5所示。
5 最终结果
视频操作演示请参阅:
单晶结构解析练习175(数据还原)https://www.bilibili.com/video/BV13KpYetEGt
如需数据进行练习,请从以下链接下载:
提取码: q47p
参考文献
[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.
  
[2] Bruker (2014).  XPREP (Version 2014/2), Program for Space Group Determination.  Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.
  
[3] Sheldrick, G.  M. SHELXS-97, Program for Crystal Structure Solution. University of Göttingen,  Germany, 1997.
  
[4] Sheldrick, G.  M. SHELXT – Integrated Space-Group  and Crystal Structure Determination. Acta  Cryst. 2015, A71, 3–8. DOI:  10.1107/S2053273314026370.
  
[5] (a)  Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,  University of Göttingen, Germany, 2019. (b)  Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.  Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure  Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle,  C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors  for SHELXL – model, implementation and  application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. DOI:  10.1107/S2053273318013840.
  
[6] (a) Allen, F.  H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal  structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:  10.1107/S0108768102003890.  (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million  crystal structures and rising. Acta  Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:  10.1107/S2052520616003954.
  
[7] (a) International Organization for Standardization  (2012). ISO 26324:2012. Information and  Documentation – Digital Object Identifier System.  http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J.  D.; Levine-Clark, M. Encyclopedia of  Library and Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4.  (c) Liu, J. Digital Object Identifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI: 10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization for Standardization  (2022). ISO 26324:2022. Information and  Documentation – Digital Object Identifier System. https://www.iso.org/standard/81599.html
  
[8] (a) Sheldrick,  G. M. Phase Annealing in SHELX-90:  Direct Methods for Larger Structures. Acta  Cryst. 1990, A46, 467–473. DOI: 10.1107/S0108767390000277. (b) Sheldrick, G. M.; Usón, I. Advances in direct  methods for protein crystallography. Curr.  Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 643–648. DOI:  10.1016/S0959-440X(99)00020-2.  (c) Sheldrick, G. M., Hauptman, H. A., Weeks, C. M., Miller, R. & Usón,  I. International Tables for  Crystallography, Vol. F, edited by E. Arnold and M. Rossmann, pp. 333  345. Dordrecht: Kluwer Academic Publishers, 2001. (d) Giacovzaao, C. Phasing in Crystallography. Oxford:  IUCr/Oxford University Press, 2014.
  
声明:本文仅代表个人观点,笔者学识有限,资料整理过程中可能存在疏漏错误,请不吝指正。
  

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