Rint降低-正确对称性还原

DJ_Tokyo

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Rint降低-正确对称性还原

最近，笔者处理的一个数据（未发表数据，故隐去晶胞参数、文件名称和数据名称以免泄密），在APEX4 [1]中Bravais Lattice详情如图1所示，程序默认选择Tetragonal I（FOM = 0.86），其他对称性低的Orthorhombic F（FOM = 0.88）、Orthorhombic I（FOM = 0.83）和Monoclinic C（FOM = 0.94）诊断指标（FOM, figure of merit）也很高，都在0.83及以上。

▲图1 Bravais Lattice

因为是首次还原数据，不确定正确对称性和空间群，所以手动选择对称性最低的Triclinic P进行数据还原，XPREP [2]中寻找更高对称性时给出如图2所示诸多选项，程序默认选择对称性最低的Triclinic P。

▲图2 寻找更高对称性

XPREP输出hkl和ins文件后，用Olex2 [3]打开ins文件，调用SHELXT [4]进行初始结构模型解析，结果如图3所示，三斜晶系第2号空间群Pī，Rint = 13.96%。

▲图3 三斜晶系第2号空间群Pī，Rint = 13.96%

PLATON [5]对称性检查（ADDSYM）显示存在更高对称性，可以升到四方晶系第139号空间群I4/mmm，如图4所示。

▲图4 PLATON对称性检查

利用PLATON将空间群从三斜晶体第2号空间群Pī升到四方晶系第139号空间群I4/mmm后，结果如图5所示，Rint = 20.41%，超过18%会触发Rint相关AB警报（参阅推文“CheckCIF-Rint值触发警报的界限”）。

▲图5 升空间群结果

于是返回APEX4，在Bravais Lattice步骤时，按照程序默认选择Tetragonal I（FOM = 0.86）重新还原数据，结果如图6所示，Rint = 17.38%，小于18%。

▲图6 重新还原结果

参考文献

[1]    Bruker(2021). APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[2]    Bruker(2014). XPREP (Version 2014/2), Program for Space Group Determination.Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[3]    Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[4]    Sheldrick,G. M. SHELXT – Integrated Space-Groupand Crystal Structure Determination. ActaCryst. 2015, A71, 3–8. DOI:10.1107/S2053273314026370.

[5]    (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI: 10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.